Mit einem Shuttlepod fliegt das Außenteam auf die Oberfläche zum Wrack des Xindi-Schiffes. Vorsichtig betritt man das, was vom Schiff übrig ist, und untersucht es gewissenhaft. In einer Kammer entdeckt Archer zwei tote Xindi-Insektoiden. Er lässt sie auf die Enterprise zurückbringen. Dr. Phlox soll dort eine vollständige Authopsie anfertigen. T'Pol, die auch zum Außenteam gehört, soll inzwischen versuchen, Zugriff auf die Datenbank des Schiffes an der Backbordseite zu bekommen.
Archer untersucht mit dem MACO Major Hayes die anderen umliegenden Räume und registriert etwas mit seinem Handscanner hinter einem Schott. Zusammen bekommen sie das Schott mit bloßen Händen geöffnet. Dahinter befindet sich der Hangar des Schiffes, in dem noch immer eine Art Shuttle steht.
T'Pol und Tucker entdecken derweil auf der anderen Seite des Schiffes ein Computerinterface. Sie möchte versuchen, etwas darüber in ihren Handscanner herunterzuladen. Zusammen mit Reed schaut sich Trip weiter um. Malcolm weiß, dass sein Vater sicher liebend gern einen Blick auf diesen Ort werfen würde, denn er ist von Insekten fasziniert. Sein Zuhause ist mit Käfern gefüllt, die er gesammelt hat, etwas, das Malcolms Mutter in den Wahnsinn treibt. Trip scherzt, dass sie vielleicht ein paar neue Arten für seine Sammlung mit nach Hause bringen könnten. Die beiden entdecken ein Schott, dass immens verstärkt wurde. Dahinter befindet sich ein weiterer kleiner, leerer Raum. Die Tür schließt sich hinter ihnen und es baut sich Druck auf. Eine Sauerstoff-Stickstoff Atmosphäre entsteht. Malcolm öffnet zuerst vorsichtig seinen Helm. Die Luft ist tatsächlich atembar. Hinter einem weiteren Schott, dass Sichtluken besitzt, entdecken sie sehr schwache Lebenszeichen.
Archer und Hayes untersuchen das Shuttle-artige Schiff. Der Captain hält es nicht für ein Shuttle sondern für ein kleines Angriffsschiff. Er registriert ein halbes Dutzend Partikelkanonen und Torpedowerfer. Da werden die beiden vom Rest des Außenteams gerufen. Er soll sofort zu ihnen kommen.

Archer stößt durch die Luftschleuse zu den Anderen und findet sich in einer Art Brutkammer wieder. Von der Decke hängen netzartige organische Fasern, in denen sich Eier befinden. Die DNS der Eier entspricht Xindi-Insektoiden. Es scheint sich um den Nachwuchs der Crew zu handeln. Tucker weiß, dass dieser Raum einiges aushalten kann. Er hat verstärkte Schotts und Backup-Energieversorgungen. T'Pol registriert 31 Eier, die noch intakt sind. Sie wissen aber, dass sie nicht mehr lange leben werden, denn die Bioversorgung verliert zunehmend an Energie. Archer fragt, ob man es reparieren kann, doch Trip weiß nicht einmal, wo er beginnen sollte. Tucker soll deshalb das Shuttle aus dem Hangar zur Enterprise fliegen. Er möchte so schnell wie möglich eine Analyse der taktischen Systeme an Bord. Zusammen mit Reed macht sich Tucker auf den Weg. Archer betrachtet sich daraufhin eines der Eier genauer und scannt es. T'Pol konnte bisher keine Brücke finden und ist sich auch nicht sicher, ob es überhaupt eine gibt. Da taucht über den Eiern ein kleiner Schlauch auf und besprüht Archer mit einer Flüssigkeit. Er nimmt dadurch jedoch keinen Schaden. T'Pol schlägt dennoch vor, sofort die Krankenstation aufzusuchen.
Zurück an Bord untersucht der Doktor das gerötete Gesicht des Captains gründlich. Er findet ein leichtes Neurotoxin. Die Flüssigkeit scheint daher eine Art Verteidigungsmechanismus der Eier zu sein. Die Eier haben ihn wohl als Gefahr angesehen. Archer scherzt, dass Menschen wohl diesen Effekt auf die Xindi haben. Mit einem Mittel will der Doktor die Rötung heilen. Archer möchte, dass Phlox so viel wie möglich über die beiden Xindi herausfindet, die Malcolm mit an Bord gebracht hat. T'Pol kommt zu den beiden und berichtet, dass man die Waffenkammer der Xindi gefunden hat, in der man einige Partikelwaffen und Torpedos gefunden hat. Fähnrich Sato übersetzt im Moment die Daten, die sie vom Schiff heruntergeladen hat. Sie sind bereit, den Orbit zu verlassen, sobald das Xindi-Shuttle an Bord ist.

Mit dem Shuttlepod schleppen Reed und Hayes das Xindi-Shuttle in den Orbit zur Enterprise. Als sie die Thermosphäre verlassen, gibt es eine kurze Erschütterung, so dass die eingepackten Xindi-Leichen an Bord umkippen, was in Hayes Unbehagen hervorruft. Reed schlägt vor, ihre Gäste daher etwas besser zu sichern. Der Major verpasst den Leichen vorsichtshalber noch ein paar Tritte, auch wenn Malcolm dies für unnötig hält. Hayes weiß, dass einige Insekten auf der Erde nur in Winterschlaf verfallen. Mit Gurten sichert er die "Fracht" und bewacht diese mit gezogener Pistole. Reed hofft, dass er ihn nicht erschießen möchte. Der Major ist jedoch nicht wegen Malcolm besorgt. Er hat sich die Resultate der letzten Trainings angesehen. Die Senior-Offiziere machen gute Fortschritte. Er ist jedoch überzeugt, dass sie es noch besser können und möchte deshalb am Montag Abend noch einige Zielübungen ansetzen. Reed schlägt vor, dies mit Commander Tucker zu diskutieren, denn am Montag Abend ist immer Filmnacht. Hayes hofft, dass die Crew ein wenig ihrer Freizeit für die Sicherheit des Schiffes opfern können. Reed erinnert ihn aber daran, dass die Senior Offiziere auch noch andere Pflichten haben. Sie können nicht die ganze Zeit damit verschwenden, in der Waffenkammer holographische Spielchen zu spielen. Der Major ist nicht sicher, ob der Captain dies genauso sieht. Ein Funkspruch von Hoshi, welche die Bereitschaft der Enterprise zum Andocken signalisiert, entspannt die geladene Stimmung zwischen den beiden.
Während Archer seine Scans der Insektoiden-Eier in seinem Bereitschaftsraum studiert, kommen Trip und T'Pol zu ihm. Sie haben herausgefunden, was mit den Xindi passiert ist. Eine ihrer Warpgondeln wurde beschädigt, als sie ihren Subraumvortex verlassen haben. Sie haben versucht, auf dem Planeten notzulanden. Laut Phlox wurden die gefunden Insektoiden nicht durch den Absturz getötet, sondern sind erstickt. Ein Großteil der Crew ist gestorben, als man die Lebenserhaltung des Schiffes zur Brutkammer umleitete. Die Xindi haben sich somit selbst geopfert, um ihren Nachwuchs zu retten. Archer möchte wissen, wie lange die Bioversorgung der Brutkammer noch funktioniert. Trip schätzt, dass sie höchstens noch einen Tag halten wird. Der Captain befiehlt daher, ein Team zusammenszustellen, um die Brutkammer zu reparieren. Tucker und T'Pol sind überrascht. Was ist aus ihrer Mission bei Azati Prime geworden? Archer findet aber, dass ihnen diese Mission nicht wegläuft. Sie haben es hier mit einer empfindungsfähigen Spezies zu tun. Sie können sie nicht einfach im Stich lassen. Tucker erhebt Einspruch und will wissen, wieso sie dies nicht tun können. Er wollte eigentlich die Hälfte seiner Leute mit einer Plasmafackel hinunterschicken, um die Eier zu vernichten. Archer fragt, ob er eine Brutkammer mit 31 Primatensäuglingen auch einfach in Brand stecken würde. Die Xindi versuchen die Erde zu zerstören, weil sie gehört haben, dass die Menschen unbarmherzig sind. Hier haben sie die Chance, sie vom Gegenteil zu überzeugen. T'Pol schlägt vor, die Eier an Bord zu holen und einen Frachtraum dafür umzubauen. Der Captain hat jedoch schon mit dem Doktor geredet. Die Eier sind in die Wände der Brutkammer integriert. Wenn man sie von dort entfernt, werden sie sterben. Tucker hält dies für eine verrückte Idee. Die Xindi versuchen sie zu töten. Archer macht ihm klar, dass dieses Thema nicht zur Diskussion steht. Der Captain will selbst das Ingenieursteam leiten. Trip soll mit Travis herausfinden, wie man das Xindi-Shuttle fliegen kann. Er hat seine Entscheidung getroffen. Die beiden sollen zurück an ihre Arbeit gehen. Verwirrt verlassen sie den Bereitschaftsraum.

"Logbuch des Captains, 8. Januar 2154. Wir sind seit über einen Tag im Orbit. Die Crew ist ruhelos und begierig darauf, die Mission fortzusetzen. Aber ich bin sicher, dass meine Entscheidung zu bleiben richtig war."
Das Xindi-Shuttle hat man inzwischen in die Shuttlestarbucht gebracht, wo es von Trip und Mayweather genauestens untersucht wird. Trip findet, dass die Xindi zwar Waffen entwickeln können, aber sie müssten noch eine Menge über komfortable Stühle lernen. Aber für einen Insektoiden sind die Stühle an Bord vermutlich sogar komfortabel. Für den Ingenieur macht das Energiegitter an Bord auch keinen großen Sinn. Fast die Hälfte fließt in die strukturelle Integrität. Man könnte damit möglicherweise in einen Gasriesen hineinfliegen. Aber erst einmal müssen die beiden herausfinden, wie man es überhaupt fliegt. Travis findet ein Symbol, dass den Impulsverteiler darstellen könnte. Als er es aktiviert, hört man kurz die klackende Sprache der Xindi und es wird dunkel im Shuttle. Mayweather beginnt zu glauben, dass dieses Schiff sie nicht sehr mag.
In der Schiffsmesse diskutieren die beiden deshalb das Problem mit Malcolm. Der schlägt vor, zwei Relais zu entfernen, um die Sicherheitsprotokolle abzuschalten. Doch ohne die Relais kann man den Antrieb nicht initialisieren. Mayweather vermutet, dass man in dem Schiff auf der Oberfläche vielleicht das findet, was man sucht. Reed fragt, ob schon jemand weiß, wie lange sie noch im Orbit bleiben werden. Da die Reparaturen sehr langsam vor sich gehen, wird dies wohl noch eine Weile so sein. Malcolm ist normalerweise der letzte, der die Befehle des Captains in Frage stellt, aber für ihn ist es doch sehr merkwürdig, hierzubleiben, um ein Nest der Xindi zu retten. Trip weiß, dass der Captain der Meinung ist, dass dies das Richtige ist. Sie mögen zwar im Krieg sein, aber diese Kreaturen brauchen ihre Hilfe. Währenddessen versuchen aber ihre großen Brüder die Erde zu zerstören. Auch Travis ist der Meinung, dass mit jedem Tag, den sie hier verbringen, die Fertigstellung der Waffe näherrückt. Tucker glaubt, dass sie bei dem Roten Riesen weiteren Xindi-Insektoiden begegnen werden. Ihre taktischen Systeme zu studieren könnte ihnen noch nützlich sein.

Während der Doktor in der Krankenstation einen Xindi-Insektoiden seziert, kommt Archer zu ihm. Phlox hat einiges über ihren Freund hier auf dem Operationstisch herausfinden können. Die Insektoiden sind geschlechtslos. Sie pflanzen sich asexuell fort. Jeder Erwachsene ist in der Lage, eine Vielzahl Insekten-Eier zu produzieren. Phlox würde es nicht wundern, wenn jedes Insektoiden-Schiff eine Brutkammer hat. Er schätzt, dass ihre Lebenserwartung nicht größer als 12 Jahre ist. Der Insektoid auf seinem Tisch war bereits 10 Jahre alt und damit einer der älteren Xindi. Die Entwicklung der Larven in den Eiern sollte nicht länger als eine Woche dauern. Aufgrund von Archers Verhalten bittet der Doktor ihn, sich etwas auszuruhen. Der will aber, dass die Reparaturarbeiten beenden werden und hört nicht auf seinen Doktor. Er möchte informiert werden, falls Phlox noch etwas herausfindet.
Etwas später fliegt T'Pol mit einem Shuttlepod zur Oberfläche. Dort findet sie vor der Brutkammer Corporal Chang und Corporal Hawkins. Sie wurden angewiesen, die Kammer zu bewachen. In der Kammer arbeiten Tucker und Archer in der feuchtwarmen Atmosphäre fieberhaft an den Systemen, während Major Hayes sie im Auge behält. T'Pol überbringt dem Captain Lieutenant Reeds Bericht, der die taktische Analyse des Insektoidenschiffes enthält. Archer hatte ihn zwar angefordert, interessiert sich nun aber nicht mehr dafür. Er selbst hat die beiden MACOs von Major Hayes vor der Kammer abstellen lassen, weil die Xindi-Eier sehr verletzlich sind. Es gibt schließlich Brüche in der äußeren Hülle und es könnten Raubtiere in der Gegend sein. T'Pol wirft ein, neben Mikroben keine weiteren Lebensformen auf dem Planeten entdeckt zu haben. Archer ist in Gedanken aber nur noch bei seinen Xindi. Er startet mit Tucker einen neuen Versuch, die Lebenserhaltung wieder in Gang zu setzen. Die Systeme laden sich auf und ein summendes Geräusch entsteht, das immer höher wird. Durch die Überladung wird ein Ei vernichtet. Tucker vermutet, dass eine Überladung im Energiegitter die Ursache war. Trip braucht aber ein paar Minuten, um sich erst einmal auszuruhen. Als Archer die noch lebendige Larve aus dem geplatzten Ei am Boden findet, ruft er die Enterprise und meldet einen medizinischen Notfall.

Zurück an Bord konnte der Doktor jedoch nichts mehr für den kleinen Insektoiden tun. Archer ist bestürzt. Er möchte von T'Pol wissen, wie Hoshi mit der Übersetzung vorankommt. Die Insektoidensymbole unterscheiden sich aber etwas von denen der anderen Xindi-Spezies. Sie benötigt noch etwas Zeit. Archer möchte, dass Hoshi die Datenbank durchsucht, wenn sie fertig ist. Er möchte wissen, ob die Insektoiden Bestattungsrituale haben. T'Pol fragt ungläublich, ob er eine Beerdigung plant. Da meldet sich Tucker über COMM. Er glaubt, das Problem gefunden zu haben. Das Energiegitter kommt mit ihren Konvertern nicht zurecht. Es wird mindestens drei Tage dauern, sie kompatibel zu machen. Es wäre eventuell möglich, auch den Reaktor wieder in Gang zusetzen, doch bei dem Absturz hat dieser viel Antimaterie verloren. Archer befiehlt deshalb T'Pol, Trip dabei zu helfen, den Reaktor wieder zu aktivieren. Er möchte Antimaterie von der Enterprise in das Schiff transferieren. Sie sollen soviel verwenden, wie nötig ist. Die Vulkanierin wirft ein, dass sie nur noch einen Vorrat von 60 Prozent haben, doch der Captain will keinen weiteren Xindi-Insektoiden sterben lassen.
Im Kommandozentrum berichtet Trip T'Pol und Reed, dass sie ein Drittel ihre Antimaterievorräte benötigen, um den Reaktor im Xindi-Schiffswrack wieder zum Laufen zu bringen. Jedes System auf dem Schiff hängt an diesem Reaktor. Wenn man also die Lebenserhaltung aktivieren will, muss man das ganze Schiff wieder in Betrieb setzen. Reed weiß, dass dadurch kaum Antimaterie für ihre Torpedos übrig sein wird, ganz zu schweigen von ihrem Antrieb. Tucker wollte erst mit den beiden reden, bevor er es dem Captain berichtet. Reed hätte nie gedacht, dass Archer einmal das Wohlergehen einiger Xindi über das seiner eigenen Leute stellt. Der Captain hat inzwischen zwei Tage in der Brutkammer verbracht. Nach allem, was ihm berichtet wurde, hat er dabei nicht einmal eine Pause zum Schlafen eingelegt. T'Pol befiehlt, den Transfer der Antimaterie erst einmal zu verschieben. Sie möchte erst noch einmal mit Archer reden.

Besessen arbeitet der Captain in der Brutkammer bewacht von Major Hayes an der Steuerung der Kammer. Er möchte sofort wissen, ob die eintreffende T'Pol die Antimaterie mitgebracht hat. Sie verneint dies und erklärt, dass die Initialisierung des Reaktors ein Drittel ihre Antimaterie-Vorräte aufbrauchen würde. Archer ist sicher, dass sie diese Menge entbehren können, weil sie nur noch einige Lichtjahre von dem Roten Riesen entfernt sind. Sie haben mehr als genug Treibstoff, um bis dorthin zu gelangen. T'Pol erinnert ihn daran, dass sie nicht genau wissen, ob sich die Waffe wirklich in diesem System befindet. Als Archer einwirft, dass hier einige Leben auf dem Spiel stehen, erwidert T'Pol, dass auf der Erde Milliarden von Menschenleben auf dem Spiel stehen, wenn ihre Mission fehlschlägt. Archer weiß dies. Für ihn sind die Xindi in diesem Schiff unschuldig. Wenn sie diese sterben lassen, werden sie den anderen Xindi nur beweisen, dass sie Recht hatten. Er weiß nicht viel über vulkanische Ethik, aber Menschen werfen die Moralität nicht einfach aus dem Fenster, wenn es etwas heftiger wird. T'Pol erklärt, dass Tucker und Reed auch der Meinung sind, dass dieser Transfer ihre Mission gefährden wird. Archer nimmt dies zur Kenntnis und befiehlt T'Pol, sofort zur Enterprise zurückzukehren und den Antimaterie-Transfer zu beginnen. Die Vulkanierin kann diesen Befehl jedoch nicht befolgen. Archer erinnert sie daran, dass sie noch immer unter seinem Kommando steht, auch wenn sie keine Uniform trägt. Sie schlägt deshalb vor, die Sternenflotte zu kontaktieren und das Thema mit Admiral Forrest zu diskutieren. Der Captain enthebt sie daraufhin ihres Postens als Erster Offizier der Enterprise. Major Hayes soll sie zurück zur Enterprise eskortieren und sie dort in ihr Quartier einsperren. Freiwillig geht die Vulkanierin mit Hayes, der zunächst auch ein wenig zögert.

Archer hat sich gerade an Bord der Enterprise etwas frisch gemacht, als Trip zu ihm kommt, und berichtet, dass das erste Shuttlepod auf dem Weg ist. Wenn sie beide Shuttlepods benutzen, wird der Transfer etwa vier bis fünf Stunden dauern. Archer hatte gar nicht gemerkt, wie sehr er eine Dusche nötig hatte. Er hat einfach zu viel Zeit in der Brutkammer verbracht. Tucker wechselt aber schnell das Thema. Falls der Captain nach einem neuen ersten Offizier sucht, sollte er Malcolm nehmen. Schließlich benötigt er jemanden, der ständig auf der Brücke sein kann und Tucker ist im Moment etwas beschäftigt. Archer will aber nichts an der Kommandostruktur ändern. T'Pols Absetzung ist nur temporär. Trip weiß, dass T'Pol schon oft die Befehle des Captains in Frage gestellt hat, doch nie zuvor hat er sie dafür eingesperrt. Tucker findet das ziemlich außergewöhnlich. Für Archer sind dies aber auch keine gewöhnlichen Umstände. T'Pol hat einen direkten Befehl vor der Crew verweigert. Er braucht keine Senior Offiziere, die sich so verhalten, ganz besonders auf einer Mission, die so wichtig ist. Tucker schlägt deshalb vor, ihn lieber auch in sein Quartier einsperren zu lassen. Denn er ist noch immer nicht sicher, dass sie das Richtige tun. Wenn die Rollen vertauscht wären, kann er sich nicht vorstellen, dass die Xindi das Gleiche für sie tun würden. Archer erzählt ihm, dass sein Urgroßvater während der Eugenischen Kriege in Nordafrika war. Sein Bataillon hat Zivilisten aus der Kriegszone evakuiert, als sie angegriffen wurden. Eine Schule voller Kinder stand zwischen ihnen und dem Feind. Wenn seine Leute zurückgeschossen hätten, dann hätten sie die Schule getroffen. Sie riefen deshalb den Commander auf der gegnerischen Seite und vereinbarten, das Feuer solange einzustellen, bis die Schule evakuiert war. Es gibt Regeln, auch im Krieg. Archer muss diesen Kindern einfach helfen. Doch Tucker scheint noch immer nicht überzeugt zu sein.
In der Waffenkammer zeigt Major Hayes dem taktischen Offizier der Enterprise eine 3D-Kampfsimulation des Schiffes gegen das Xindi-Schiff, was Reed für völlig überflüssig hält. Der MACO findet jedoch, dass sie wesentlich mehr Einblicke in die taktischen Fähigkeiten des Feindes gewinnen können als von der Standardanalyse. Reed wollte aber wissen, wo das Schiff Schwächen in den Schilden hat, und keine Spielchen spielen. Hayes weiß aber, dass es keineswegs ein Spiel ist. Durch die Simulation hat er zwei Schwachstellen am Heck des Schiffes gefunden. Das Schiff hat nur Minimalschilde um die Impulsverteiler. Ein Paar Torpedos würde genügen, um den Antrieb auszuschalten. Die Impulsverteiler sind sehr klein, aber Reed ist sicher, dass sie mit den Zielerfassungsscannern das hinbekommen könnten. Er muss gestehen, dass Hayes gute Arbeit geleistet hat, so dass sich die Wogen zwischen den beiden womöglich doch noch glätten könnten. Malcolm entschuldigt sich bei Hayes, dass er überreagiert hat. Die gesamte Crew ist im Moment etwas angespannt. Reed kann sich nur schwer vorstellen, wie mies es sein musste, die ganze Zeit in der Brutkammer zu verbringen. Für Hayes ist es auch nicht alltäglich, dass man ihn bittet, einen Senior Offizier einzusperren. Er kann Archer jedoch verstehen. Würde einer seiner Leute seine Befehle missachten, würde er genauso handeln. Reed möchte zurück auf die Brücke. Hayes soll versuchen, ob er noch mehr durch die Simulation herausfinden kann.

Vorsichtig begibt sich Tucker zu T'Pols Quartier, das von Corporal Chang bewacht wird. Der hat jedoch den Befehl, keine Besucher zu ihr zu lassen. Trip gibt daher vor, direkt vom Doktor hierher geschickt geworden zu sein, wegen seiner Neuropressur-Sitzung. Er hofft, dass er nicht extra den Doktor herholen muss. Chang lässt den Commander daraufhin zu T'Pol. Sofort berichtet er ihr, dass die Antimaterie bereits unterwegs ist. Er hat auch mit dem Captain gesprochen und ist überzeugt, dass in ein oder zwei Tagen wieder alles in Ordnung ist. Die Vulkanierin weiß, dass sie die Antimaterie dann bereits verloren haben. In ihren Augen verhält sich der Captain immer unlogischer, selbst für einen Menschen. Er ist scheinbar von der Brutkammer besessen und zeigt Zeichen von Paranoia. Tucker findet, dass sie ein wenig übertreibt. Doch T'Pol möchte, dass Trip nicht zulässt, die Antimaterie an die Xindi zu verschwenden. Tucker fragt, ob er deshalb eine Meuterei anzetteln soll. T'Pol schlägt vor, Doktor Phlox zu bitten, den Captain vollständig zu untersuchen. Wenn der Doktor feststellt, dass etwas mit Archer nicht in Ordnung ist, könnte man ihn wegen medizinischer Bedenken seines Kommandos entheben. Tucker weiß, dass sie wegen des Vorfalls aufgebracht ist, doch sie scheint dies etwas zu persönlich zu nehmen. Sie möchte daher wissen, wann der Reaktor aktiviert wird. Tucker schätzt, dass es in zwölf Stunden soweit sein wird, wenn Hoshi bis dahin das Interface übersetzen konnte. T'Pol möchte, dass Trip die Aktivierung hinauszögert, bis sie sicher sein können, dass der Captain in guter geistiger Verfassung ist. Tucker ist sicher, dass sie in der Arrestzelle landen, wenn Archer herausfindet, was sie hier tun. Dem ist sich die Vulkanierin bewusst. Auch wenn er Archer hintergehen soll, darf er nicht zulassen, dass seine persönliche Einstellung zum Captain seine Entscheidungen beeinflusst. Sie wissen beide, dass er das Schiff und die Mission gefährdet.
Auf der Brücke registriert Mayweather einen sich öffnenden Subraumvortex. Reed lässt sofort auf taktischen Alarm gehen und ruft Archer auf die Brücke. Aus dem Subraumvortex taucht ein anderes Xindi-Insektoiden-Schiff auf. Hoshi registriert drei Lebenszeichen an Bord. Das Schiff feuert und ergreift die Flucht mit vollem Impuls. Reed lässt es verfolgen und die Phasenkanonen vorbereiten. Man soll den Antrieb des Xindi-Schiffes deaktivieren. Die Enterprise eröffnet das Feuer, doch die Phasenkanonen haben keine Wirkung. Das Xindi-Schiff lädt seinen Hauptdeflektor, um damit den Subraumvortex zu öffnen. Reed lässt deshalb Torpedos mit maximaler Ladung vorbereiten. Man soll die Impulsverteiler anvisieren und feuern. Der erste Torpedo verfehlt das Schiff, der zweite findet sein Ziel. Scheinbar war die Ladung zuviel für das Schiff, das vollständig zerstört wird. Archer, der in diesem Moment auf die Brücke kommt, ist schockiert. Die Crew dieses Schiffes hätte sich um die Brutkammer kümmern können. Sie hätten dadurch ihre Antimaterie behalten und die Mission fortsetzen können. Reed ist überzeugt, dass die Xindi die Position der Enterprise an ihre Vorgesetzen verraten hätten. Archer ist der Meinung, dass man den Xindi hätte erklären können, warum sie hier sind. Damit hätte ein Kampf verhindert werden können. Für Reed schienen die Xindi aber nicht an Gesprächen interessiert zu sein. Der Captain ruft daher Major Hayes, der sofort in seinen Bereitschaftsraum kommen soll. Er enthebt daraufhin Malcolm vom Posten des Taktischen Offiziers und unterstellt ihn Major Hayes. Reed ist schockiert, schließlich hat er nur getan, was nötig war, um das Schiff und seine Mission zu beschützen. Archer lässt Reed für diese Aussage bis auf Weiteres in sein Quartier einsperren. Hoshi und Travis sind ebenfalls sichtlich vom Verhalten des Captains schockiert. Da Sato mit der Übersetzung beinahe fertig ist, möchte Archer, dass sie einen Notruf in der Insektoiden-Sprache verfasst. Sie soll diesen dann auf allen Frequenzen senden.
Im Bereitschaftsraum des Captains sind sich Archer und Hayes einig, dass es nichts wichtigeres gibt, als den Erfolg ihrer Mission. Der Captain findet, dass seine Senior Offiziere nicht verstehen, was er hier versucht zu tun. Er macht sich auch selbst dafür verantwortlich. In der Vergangenheit hat er sie dazu ermutigt, Fragen zu stellen. Doch dafür haben sie jetzt keine Zeit. Er benötigt Offiziere, die die Kommandokette einhalten und Befehle befolgen. Für Hayes ist das kein Problem. Archer dachte, dass die Angelegenheit mit T'Pol nur ein einzelner Vorfall war, doch jetzt ist er sich nicht mehr sicher. Reed hat ein Schiff zerstört, das ihnen hätte helfen können. Er fragt sich deshalb, ob er vorsätzlich versucht hat, die Mission zu sabotieren. Er übergibt an Hayes das Kommando über das Schiff, während er sich zurück auf die Oberfläche begeben will. Hayes wird nur seine Befehle befolgen, und nur seine. Der Major versteht und darf wegtreten.

Während der Captain Antimateriecontainer in ein Shuttlepod lädt, kommen Trip und Phlox zu ihm. Tucker möchte, dass Archer den Doktor in die Krankenstation begleitet. Er hat von Hoshi erfahren, dass sie einen Notruf an die Xindi senden soll. Trip hält dies für ziemlich gefährlich. Archer ist sicher, dass sie schon Lichtjahre entfernt sein werden, wenn die Xindi darauf reagieren. Doch keiner von ihnen weiß, wie weit die Xindi entfernt sind. Trip ist überzeugt, dass es ein extremes Risiko darstellt, diesen Notruf zu senden. Archer will nicht nur immer auf Nummer sicher gehen, denn diese Mission ist zu wichtig. Tucker erinnert ihn daran, dass ihre Mission darin besteht, die Erde zu retten, keine außerirdische Brutkammer. Phlox macht dem Captain klar, dass er in den letzten beiden Tagen nicht gegessen oder geschlafen hat. Er zeigt ein besessenes Verhalten und leichte Paranoia. Archer verspricht, dass er sich vollständig in der Krankenstation untersuchen lassen wird, sobald der Reaktor auf der Oberfläche wieder läuft. Für Tucker ist dies nicht gut genug. Außerdem hat Phlox die Möglichkeit, ihn in die Krankenstation zu befehlen. Wütend wirft Archer dem Commander deshalb vor, T'Pol würde ihn manipulieren. Er weiß, dass sie das Kommando übernehmen wird, wenn er dienstuntauglich geschrieben wird. Phlox macht Archer klar, dass er den Captain nach Sternenflotten-Verordnung 104 Abschnitt C seines Kommandos entheben muss, wenn er nicht mit in die Krankenstation kommt. Dieser widerrum hätte so etwas von T'Pol erwartet, aber nicht von den beiden. Er droht deshalb, die beiden auch in ihre Quartiere einsperren zu lassen. Sie gehen daraufhin lieber freiwillig und es wird klar, dass der Doktor einen medizinischen Scanner heimlich in seiner Tasche mitlaufen ließ.
Sofort untersuchen Trip und Phlox die Daten in der Krankenstation. Archers Neurochemie scheint normal zu sein. Aus den Scans lässt sich nichts Ungewöhnliches entnehmen. Der Doktor müsste Archer schon in der Imaging-Kammer genauer untersuchen. Tucker wird nervös. Wenn Hoshi den Notruf sendet, wird sich jedes Xindi-Schiff hier herbewegen, das ihn empfängt. Er weiß, dass der Captain Hayes auf der Brücke und MACOs überall auf dem Schiff postiert hat. Was immer sie als nächstes tun, sie müssen es schnell tun. Für Tucker ist es an der Zeit, das Regelwerk aus dem Fenster zu werfen.
In der Brutkammer untersucht Archer die einzelnen Xindi-Eier. Da macht ihn ein Crewman darauf aufmerksam, dass ein Xindi-Insektoid beginnt, aus seinem Ei auszuschlüpfen.

Auf der Enterprise gibt Trip Schmerzen in seiner Schulter vor, um erneut in T'Pols Quartier zu kommen. Doch Corporal Chang hat neue Befehle von Major Hayes erhalten und darf niemanden zu ihr lassen. Während sich Malcolm und Phlox unbemerkt von der anderen Seite anschleichen gibt Tucker vor, T'Pol hätte bei ihm während ihrer letzten Sitzung neuralen Schaden verursacht. Da Chang hart bleibt, versucht Trip an ihm vorbeizukommen, wird aber wieder zurückgedrängt. Reed bittet den MACO ruhig zu bleiben und Phlox betäubt ihn schnell mit einem Hypospray. Schnell bringen sie ihn in T'Pols Quartier. Tucker berichtet der Vulkanierin sofort, das Hayes die Brücke übernommen hat und Wachen auf dem ganzen Schiff verteilt hat. T'Pol sieht es als wichtigste Aufgabe an, den Captain sowie die Antimaterie von der Oberfläche zu holen. Reed würde zunächst gern die Brücke wieder zurückerobern. Wenn Hayes erfährt, was hier vor sich geht, wird es zum Kampf kommen. Phlox schlägt vor, erst einmal mit dem Major zu reden und ihm die Situation zu erklären, schließlich scheint er ein vernünftiger Mann zu sein. Reed hält dies für zu riskant. Wenn Hayes dem Captain bescheid sagt, ist diese Meuterei vorbei, bevor sie überhaupt beginnt. Sie brauchen mehr Leute. Reed erklärt, dass in der Waffenkammer Fähnrich Walsh und zwei von seinen Leuten sind. Sie sind auf ihrer Seite. Hayes hat jedoch zwei MACOs dort postiert.
In der Brutkammer beginnen weitere Xindi-Insektoiden zu schlüpfen. Archer verlangt, dass die beiden Crewmen, die mit ihm dort sind, mit dem Shuttlepod zurück zur Enterprise fliegen - ohne ihn.
In der Waffenkammer steigt T'Pol getarnt mit einem Basecap von der oberen Ebene nach unten und erledigt dort mit einem vulkanischen Nackengriff den ersten MACO. Bevor der zweite MACO eingreifen kann, betäubt Reed ihn. Schnell gibt Reed an seine Leute in der Waffenkamer sowie an Tucker Phasenpistolen aus. Man macht sich sofort auf den Weg.

Zusammen mit einem von Reeds Leuten beamt sich Trip in das Xindi-Schiff. Sie machen sich auf den Weg zur Brutkammer.
Den anderen wird der Weg durch zwei MACO-Posten vor einem Turbolift versperrt. Sie beschließen, einen anderen Weg zur Brücke zu suchen und benutzen hierzu einen Wartungsschacht.
Die beiden MACOs in der Luftschleuse vor der Brutkammer werden von Trip mit einer Betäubungsgranate ausgeschalten. Der Weg ist frei. In der Brutkammer angekommen, krabbeln am Boden bereits kleine Xindi-Insektoiden und suchen vor den beiden Neuankömmlingen das Weite. Erst nachdem sie sich genau umgesehen haben, entdecken sie den Captain, der die Waffen für überflüssig hält.
Auf der Brücke erfährt Hayes von einem MACO über COMM, dass man Corporal Chang bewusstlos in T'Pols Quartier gefunden hat. Die Vulkanierin ist nicht mehr in ihrem Quartier. Hayes ruft die Waffenkammer, erhält jedoch keine Antwort. Gerade als sich ein MACO auf den Weg machen will, um die Lage zu überprüfen, kommen die meuternden Crewmitglieder auf die Brücke. Sofort hat jeder die Pistole eines anderen auf sich gerichtet. Hayes fragt Reed, ob er wirklich vor hat, ihn zu erschießen. Er erinnert sie, dass der Captain sie ihres Postens enthoben hat. T'Pol möchte, dass alle ruhig bleiben, man will niemanden verletzen. Alle sollen ihre Waffen herunternehmen. Doch Hayes fühlt sich im Recht. Er wird hier die Befehle geben, bis der Captain es anders befiehlt.

Vorsichtig untersucht Archer die anderen Xindi-Eier in der Brutkammer. Er bittet Trip, auf die Enterprise zurückzukehren. Als Archer ein weiteres Ei berührt, krabbelt ein kleiner Insektoid seinen Arm entlang. Tucker will sofort einschreiten, doch Archer verhält sich beschützend und wie eine Mutter dem Kleinen gegenüber. Schon bald klettern drei Insektoiden auf seinem Körper herum. Trip sieht keine andere Möglichkeit, als den Captain zu betäuben.
Hayes gibt Hoshi den Befehl, Archer zu kontaktieren, doch T'Pol bittet sie, dies zu ignorieren. Sato weigert sich tatsächlich, den Befehl auszuführen. Da sich niemand regt, ergreift Travis die Initiative und greift Hayes per Hand an. Eine weibliche MACO betäubt mit ihrem Phaser einen von Reeds Leuten. Malcolm gelingt es aber, sie auszuschalten. T'Pol erledigt einen weiteren MACO. Hayes gewinnt zwar die Oberhand über Travis, doch Reed steht bereits mit der Phasenpistole hinter ihm und verkündet, dass es vorbei ist.Der Major gibt sich geschlagen. Mayweather soll ihn in sein Quartier bringen. Von der Oberfläche meldet sich Commander Tucker und berichtet von seinem Erfolg. T'Pol meldet ihm, dass die Brücke gesichert ist. Trip lässt ausrichten, dass Phlox die Imaging-Kammer bereit macht, er hat einen Patienten für ihn.

"Logbuch des amtierenden Captains, Nachtrag. Wir haben unseren Kurs nach Azati Prime wieder aufgenommen. Major Hayes und seine Männer wurden temporär außer Dienst gestellt. Doktor Phlox glaubt, eine Erklärung für das Verhalten des Captains gefunden zu haben."
Zusammen kommen Reed und Hayes auf die Krankenstation, wo Phlox mit T'Pol und Tucker auf sie warten. Der Captain ist in seinem Quartier und ruht sich aus. Phlox erinnert die Anwesenden an den Vorfall, als das Ei den Captain angegriffen hat und ihm eine Flüssigkeit ins Gesicht gesprüht hat. Der Doktor hielt es für einen Verteidigungsreflex. Doch es handelt sich dabei um etwas weitaus ausgeklügelteres. Die Substanz enthält eine einzigartige Neurochemikalie, die in die synaptischen Bahnen des Captains eingedrungen ist. Dies brachte ihn dazu, sich wie der Fürsorger der kleinen Insekten aufzuführen. Das Gegenteil passiert mit Neugeborenen, wenn es eine Verbindung mit seiner Mutter aufbaut. Der Captain war sich dem sogar bewusst und wurde davon besessen, die Eier zu schützen und vergaß dabei alles andere - auch ihre Mission. Hayes würde gern mit dem Captain reden. Phlox sieht darin kein Problem. Archer wird in wenigen Stunden aufwachen und vollständig genesen sein. T'Pol möchte, dass der Major und seine Leute ihren Dienst wieder aufnehmen, womit der MACO einverstanden ist. Bevor Reed mit den anderen die Krankenstation verlässt, meint Hayes, dass sie für diesen Vorfall womöglich nicht trainiert waren. Reed ist sich da ganz sicher. Der Major möchte wissen, warum Reed nicht zu ihm gekommen ist und ihm die Situation erklärt hat. Doch der Lieutenant konnte das Risiko nicht eingehen, dass Hayes auf der Seite des Captains ist. Der MACO gibt zu, womöglich auch auf der Seite des Captains gewesen zu sein.
In seinem Quartier wird Archer von der Türklingel geweckt. Trip kommt zu ihm und erkundigt sich, wie es dem Captain geht. Archer fühlt sich ein wenig besser. Tucker entschuldigt sich und hofft, dass sein Freund versteht, dass er anders gehandelt hätte, wenn es eine andere Möglichkeit gegeben hätte. Archer weiß, dass er die Mission beschützen wollte. In seiner Situation hätte er das gleiche getan. Dennoch hat Trip niemals gedacht, dass er auf ihn einmal eine Waffe richten würde, egal in welchen Umständen. Archer möchte, dass sie diese Geschichte hinter sich lassen. Trip ist einverstanden und berichtet, dass man die letzten Antimateriereserven zurückgeholt hat. Von Phlox weiß er, dass 19 kleine Xindi-Insektoiden in der Brutkammer herumkrabbeln. Es besteht die Chance, dass sie überleben, bis das nächste Xindi-Schiff vorbeischaut. Archer möchte, dass man alles aus dem Antrieb herausholt, was möglich, um schnell nach Azati Prime zu kommen. Er will sogar wieder auf die Brücke. Trip besteht aber darauf, dass er sich noch ein wenig ausruht. Der Captain ist einverstanden, schließlich will er nicht gleich eine weitere Meuterei auslösen. Trip soll Travis aber befehlen, mit Maximum-Warp nach Azati Prime zu fliegen.