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Die U.S.S. Enterprise ist auf der Suche nach der U.S.S. Defiant, zu der man den Kontakt verloren hat. Plötzlich spielen die Sensoren verrückt. Man findet die Defiant, doch die Sensoren zeigen keinerlei Daten. Man beschließt, an Board zu beamen um herauszufinden, was passiert sein könnte. Da an Bord der Defiant keine Atemluft vorhanden ist, muss sich das Außenteam Raumanzüge anlegen.
Als man hinüberbeamt findet man auf der Brücke nur noch tote Crewmitglieder. Alles deutet darauf hin, dass es eine Meuterei an Bord gegeben hat. McCoy durchsucht die Krankenstation, Chekov den Maschinenraum. Überall das gleiche Bild: Die Besatzung ist tot. Plötzlich bekommt Chekov eine Art Schwindelanfall. Er kann sich aber beruhigen. McCoy meint, dass sich die Crew wahrscheinlich gegenseitig getötet haben muss.
Als McCoy eine der Leichen berühren will, fasst er plötzlich durch sie hindurch. Auch eine Konsole scheint sich aufzulösen. Er meldet sofort der Enterprise, dass sich die Defiant wahrscheinlich auflöst. Das Außenteam muss sofort verschwinden. Doch der Transporter funktioniert plötzlich nicht mehr richtig. Es können maximal 3 Mann auf einmal rüberbeamen. Kirk beschließt, dass Spock, McCoy und Chekov herübergebeamt werden. Er will sich danach zurückbeamen lassen. Doch noch bevor man Kirk zurückholen kann, verschwindet die Defiant und mit ihr James T. Kirk.

Da die Enterprise keinerlei Materie mehr feststellen kann befürchtet Spock, der nun das Kommando über die Enterprise hat, dass die Defiant in ein Paralleluniversum gestürzt ist. Kurz bevor die Defiant verschwand gab es eine Art Raumverdichtung. Sollte diese noch einmal auftreten, könnte man den Captain aus der Parallelwelt zurück auf die Enterprise beamen. Als Spock dies Chekov erzählt, dreht dieser durch und greift die Crew an. Er bekommt einen starken Wutanfall. Spock gelingt es aber, ihn mit seinem Nackengriff ruhigzustellen.
McCoy soll Chekovs Blut untersuchen. Er stellt fest, dass es eine Art Vergiftung ist. Plötzlich zeigt einer seiner Laboranten die selben Symptome wie Chekov und greift McCoy an. Mit Hilfe seiner Krankenschwester kann er ihn ruhigstellen.
Plötzlich taucht ein unbekanntes Raumschiff auf. Die Besatzung meldet sich und berichtet, dass man in den Tholianischen Sektor eingedrungen sei. Sie verlangen, dass die Enterprise sofort wieder verschwindet. Spock erklärt den Tholianern, dass man auf der Suche nach einem Crewmitglied sei. Die Tholianer gewähren eine Aufenthaltsgenehmigung für 113 Minuten, bis zu nächsten Raumverdichtung.

Als die Verdichtung auftaucht gelingt es der Enterprise aber nicht, Kirk an Bord zu beamen. Das Tholianische Schiff hat mit seiner Energie den Raum zu stark verändert. Da die Frist abgelaufen ist, greifen die Tholianer an. Die Tholianer schießen die Enterprise manövrierunfähig. Spock lässt daraufhin das Tholianische Schiff angreifen. Da erscheint ein zweites Tholianishes Schiff. Die beiden Schiffe beginnen ein Art netzförmiges Kraftfeld rund um die Enterprise aufzubauen.
Spock ruft eine Versammlung ein. Er erklärt, dass der Captain wahrscheinlich schon verloren ist. Da bekommt eine der Crewmitglieder einen Wutanfall. Da der Captain für den Fall seines Todes eine Aufzeichnung für Spock und McCoy hinterlassen hat, sehen sich die beiden diese an. Kirk bittet darin, dass sich die beiden nicht streiten sollen. McCoy soll auf Spock hören, da er der neue Kommandant der Enterprise ist.

Als sich Uhura in ihrem Quartier im Spiegel betrachtet, sieht sie plötzlich Kirk im Spiegel. Sie erzählt es sofort McCoy, der ihr aber nicht glaubt. Es gibt immer mehr Anfälle an Bord. McCoy ist ratlos. Er weiß nicht was er noch tun soll. Da sieht auch Scott Kirk im Maschinenraum. Spock findet dies lächerlich, doch als Kirk wie eine Geistererscheinung auch auf der Brücke erscheint, ist auch er überzeugt. Der Captain muss noch am Leben sein.
McCoy hat ein Tarangenderivat getestet. Es wirkt nevenbetäubend und den Wutanfällen entgegen. Er gibt es der gesamten Crew zu trinken, die daraufhin wieder einsatzbereit ist.

Den Tholianischen Schiffen ist es gelungen, das Kraftfeld um die Enterprise zu schließen. Da taucht die Raumverdichtung erneut auf. Die Enterprise kann ihr nicht entkommen. In einer Art Verzweiflungstat ordnet Spock an, mit vollerk Kraft gegen das tholianische Netz anzukämpfen. Und tatsächlich, es gelingt der Enterprise, sich aus dem Netz zu befreien. Es gelingt, Kirk in letzter Sekunde an Bord zu beamen, da man ihn mit Hilfe eines Traktorstrahls aus dem Netz gerissen hat..
McCoy wartet auf den Captain schon mit einem Hypospray voller Triox, da Kirk an einem Sauerstoffmangel leidet. Der Captain ist froh wieder an Bord zu sein. Spock und McCoy erklären in einer Notlüge, dass sie keine Zeit hatten, sich Kirks letzte Worte anzusehen, was den Captain etwas enttäuscht. Er will wissen, wie sich Spock und McCoy vertragen haben. Diese meinen, es gab nur die natürlichen Meinungsverschiedenheiten zwischen Mensch und Vulkanier. Kirk hofft, dass es nicht zu ähnlichen Umständen kommt, und die beiden sich dann wirklich diese letzten Worte ansehen müssen.