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Die U.S.S. Enterprise hat einen starken Ionensturm passiert. Ein Besatzungsmitglied ist tot, das Schiff ist schwer beschädigt. Man ist deshalb bei Sternenbasis 11 gelandet, um das Schiff reparieren zu lassen. Ein Bericht des Schadensumfangs wurde an Commodore Stone durchgegeben. Dieser lässt die Arbeiten an der U.S.S. Independance in Werft 18 unterbrechen, um die Enterprise vorzuziehen. Stone benötigt von Kirk neben seinem Bericht noch einen Logbuchauszug, von den Vorkommnissen, als Crewman Benjamin Finney starb. Kirk erklärt, dass man auf Alarmstufe Rot war. Er wartete so lang er konnte, musste dann aber die Sensorkapsel abwerfen. Spock beamt sich mit dem Logbuchauszug zu Kirk und Stone. In diesem Moment kommt auch die Jamie Finney, Tochter des Verstorbenen zu den Dreien. Sie wirft ihm vor, ihren Vater getötet zu haben, weil er ihn gehasst hat. Spock führt das Mädchen heraus. Als Stone den Logbuchauszug prüft, stellt er fest, dass die Enterprise immer noch auf Alarm Gelb war, als Kirk die Sensorkapsel abwarf. Er wirft dem Captain deshalb Meineid vor und lässt ihn vorläufig festnehmen. Kirk wird vor ein Untersuchungsgericht gestellt werden.
Um sich die Zeit zu vertreiben, begeben sich Kirk und McCoy in eine Bar auf der Sternenbasis. Dort sieht Kirk unter anderem Timothy, den er seit einer Vulcan-Expedition nicht mehr gesehen hat. Seine Abschlussklasse ist gut in dieser Bar vertreten, Corrigan Tellar und ein Freund namens Mike. Timothy glaubt nicht, dass der Captain so schnell einen solch guten Computeroffizier wie Ben Finney wiederbekommt. Kirk bemerkt, dass jeder in der der Bar sich seine Meinung über ihn gebildet hat und verlässt das Lokal. Da betritt eine Frau das Etablisment. Sie stellt sich McCoy als Areel Shawn vor, eine Freundin des Captains. Der Doktor will sich mit ihr bei einem Drink über Kirk unterhalten.
Am Tag darauf beginnt Stone ein Verhör Kirks, dass klären soll, ob man gegen den Captain ein Gerichtsverfahren einberufen soll wegen eines Meineides und fahrlässiger Handlung mit Todesfolge. Kirk erklärt, dass er Finney schon lange kennt, er war als Ausbilder an der Sternenflotten Akademie tätig, als er dort hinkam. Sie wurden schnell Freunde und auch seine Tochter kennt der Captain gut, die sogar nach ihm benannt wurde. Ihre Freundschaft trübte sich jedoch, als sie beide dem selben Schiff zugeteilt wurden, der U.S.S. Republic, NCC-1371. Kirk musste Finney bei der Wache ablösen und fand ihn schlafen neben einem geöffneten Regler eines Atommeilers, der zu explodieren drohte. Finney bekam eine Rüge und wurde von der Beförderungsliste gestrichen, nachdem Kirk den Vorfall eingetragen hatte. Finney blieb lange Ausbilder an der Akademie und bekam sehr spät ein Kommando. Kurz vor dem Unglück zeigte das Wetterabtastgerät einen Ionensturm an. Kirk teilte Finney für die Sensorkapsel ein, so stand es im Dienstplan. Sie trafen auf die ersten Ausläufer des Sturms und gingen auf Alarm Gelb. Nach einiger Zeit gerieten sie in das Hauptfeld, so dass Kirk auf Alarm Rot ging. Für Finney hieß das, die Sensorkapsel zu verlassen. Stone fragt sich jedoch, wieso das Computerlogbuch zeigt, dass Kirk die Sensorkapsel bei Alarm Gelb abwarf. Spock lässt deshalb den Computer überprüfen. Stone macht Kirk klar, dass sie als Commander eines Schiffes täglich über einhundert Entscheidungen treffen müssen. Dies ist Kirk nun zum Verhängnis geworden. Er will den Fall begraben, da er nicht möchte, dass Kirk sich als erster Raumschiffcaptain vor Gericht verantworten muss. Die Sternenflotte könnte ihren Ruf verlieren, wenn ein Captain sein Versagen durch einen Meineid aus Feigheit verheimlicht. Er stellt Kirk vor die Wahl, einen Posten beim Bodenpersonal anzunehmen oder vor ein Gericht gestellt zu werden. Der Captain der Enterprise verlangt deshalb sofort den Prozess.

Die Offiziere, aus denen sich das Gericht zusammensetzt, vor das Kirk gestellt werden soll, sind auf dem Weg zur Sternenbasis 11. Die Reperaturarbeiten an der Enterprise sind so gut wie abgeschlossen. Kirk gesellt sich in der Bar zu seiner alten Freundin Areel und macht ihr sofort Komplimente. Die beiden haben sich schon seit 4 Jahren und 11 Monaten nicht gesehen. Areel ist inzwischen Juristin. Sie befürchtet, dass dieser Vorfall ihn ruinieren wird. In seinem Fall kann die Anklage nur auf der Basis Kirk gegen Computer operieren. Er braucht deshalb einen guten Verteidiger. Kirk bittet Areel, sein Verteidiger zu sein, doch sie hat etwas anderes zu tun. Sie empfiehlt ihm daher Samuel T. Cogley. Sie gesteht ihm außerdem, dass sie als Anklägerin fungieren muss und alles tun soll, damit Kirk unehrenhaft aus dem Dienst entlassen wird.
Als Kirk in sein Quartier zurückkehrt, hat sich dort schon ein Mann mit all seinen Büchern breit gemacht. Er lehnt die Benutzung des Computer vollkommen ab. Für ihn lebt das Gesetzt in seinen Büchern, die Automaten werden es durch ihre Sterilität eines Tages umbringen. Ein Computer versteht nicht, warum sich die Menschen Gesetze gegeben haben, von Moses bis zu den Statuten von Alpha III. Kirk weiß nun, wer vor ihm steht, sein Rechtsanwalt Samuel T. Cogley.

Schon wenig später eröffnet Commodore Stone mit wenigen Schlägen an die Glocke die Verhandlung. Als Richter wurden der Präsident der Sternenflottenakademie Lindstrom, Captain Kransnowsky und Captain Chandra eingesetzt. Kirk ist sowohl mit den Richtern als auch mit Stone als Vorsitzender des Gerichtes und Lieutenant Shawn als Anklägerin einverstanden. Der Computer verliest die Anklage, in der Kirk vorgeworfen wird, fahrlässig den Tod von Lieutenant Commander Benjamin Finney verursacht zu haben. Kirk bekennt sich nicht schuldig im Sinne der Anklage. Shawn ruft als ersten Zeugen Mr. Spock auf. Er erklärt, dass er bei seiner Untersuchung keinerlei Fehler am Computersystem der Enterprise gefunden hat. Er gibt jedoch zu bedenken, dass es einen Fehler geben muss, da Kirk niemals die Sensorkapsel bei Alarm Gelb abwerfen würde. Er ist sicher, dass die Aufzeichnung falsch ist. Jeder Mensch hat gewisse Charakteristiken, die unveränderlich sind. Er hält es für unmöglich, dass Kirk etwas aus Panik oder Bosheit tun könnte, da es nicht in seiner Natur liegt. Cogley hat keine Fragen an den Zeugen. Als nächstes wird Schiffsarzt Dr. McCoy als Zeuge aufgerufen. Da er sich mit Raumfährt-Psychiatrie beschäftigt hat, fragt Shawn ihn, ob Finney nicht seinem Versagen die Schuld gegegeben hat, nicht befördert zu werden, sondern Kirk, der den Vorfall damals meldete. Finney hasste Kirk daraufhin wahrscheinlich jahrelang. Shawn fragt sich, ob Menschen Hassgefühle mit Zuneigung erwidern. Nein, stattdessen bringen normale Menschen ihrem Gegenüber auch Hassgefühle zum Ausdruck. McCoy bestätigt dies, aber nicht für seinen Captain, aber theoretisch sei es möglich. Cogley hat an den Zeugen keine Fragen. Er ruft als nächsten den Angeklagten in den Zeugenstand. Der Computer liest seine Akte vor, darunter auch seine Auszeichnungen: Palmenblatt des Friedensrates von Axanar, Ehrennadel für taktische Verdienste erste Klasse von Gran Chite, Brentaris Ehrenband erster und zweiter Klasse. Shawn ergreift das Wort, da sie der Meinung ist, auch ohne die Aufzählung Kirks Verdienste anzuerkennen. Cogley ist jedoch der Meinung, nicht durch die Verhandlung zu hasten. Die Aufzählung wird fortgesetzt: Große Verdienstmedaille, Silberpalme mit Mondkristall, Tapferkeitsstern erster Klasse der Sternenflotte der Vereinten Planeten. Da stoppt Cogley die Aufzählung um niemand zu langweilen. Kirk soll erklären, wie es zu dem Unfall kam. Kirk erzählt, dass sie in einen Ionensturm kamen. Er weist die Vorwürfe zurück, Finney gehasst zu haben. Er war ein Mitglied seiner Crew und wurde von Kirk wie jeder andere behandelt. Er weist auch die Vorwürfe zurück, aus Panik falsch gehandelt zu haben und den Ionensturm zu früh abgeworfen zu haben. Er hat schon schlimmere Krisen überstanden. Jeder Befehl den er gab entsprach exakt der Situation und den Vorschriften. Er würde unter den selben Umständen das nächste mal genauso wieder handeln. Alle Befehle waren von absoluter Notwendigkeit um das Schiff zu retten und für Kirk ist das Schiff das allerwichstigste. Cogley übergibt Shawn den Zeugen. Sie möchte den Angeklagten mit einem Auszug des Computerlogbuchs konfrontieren, beginnend bei Sternzeit 2945.7. Darin sieht man, wie Uhura einen aufkommenden Ionensturm meldet. Da laut Spock Ben Finney auf dem Dienstplan für die Sensorkapsel steht, schickt Kirk ihn auf diesen Posten. Die Enterprise wird von den Auslösern des Sturms getroffen. Kirk geht auf Alarm Gelb und verlangsamt auf SoL 1. Shawn lässt die Aufzeichnung zurückspulen und den Ausschnitt des Alarmpults vergrößern, so dass man deutlich sieht, dass Kirk wirklich Alarm Gelb gab. Finney meldet sich von der Sensorkapsel und Kirk befiehlt Crewman Hanson auf Kurs zu bleiben. Die Intensität des Sturms steigt. Kirk erklärt Finney, dass er bei Alarm Rot die Kapsel sofort verlassen soll. Als die Intensität weiter steigt, betätigt Kirk erneut das Alarmpult. Shawn stoppt das Bild, das zeigt, dass Kirk den Abwurfknopf betätigt, ohne vorher auf Alarm Rot zu gehen. Damit beendet die Anklage die Vorführung. Kirk ist geschockt weil das, was sie gesehen haben, nicht stimmt.

Auch Cogley zweifelt an Kirks Unschuld, da Computer normalerweise nicht lügen. Wenn er beweisen kann, dass Kirk einen Gedächtnisschwund bei seiner nervlichen Belastung hatte, kann er einen Freispruch bewirken. Doch der Captain weiß, dass er auf solche Situationen vorbereitet war, es ist ausgeschlossen, dass er einen Fehler gemacht hat. Spock meldet sich bei ihm, auch eine weitere Untersuchung des Computers hat nichts ergeben. Kirk hofft, dass Spocks nächster Captain ihn auch im Schach schlagen wird. Das bringt den Vulkanier auf der Enterprise auf eine Idee. Auf Sternenbasis 11 kommt währenddessen Jamie Finney zu Kirk und Cogley und bittet den Verteidiger nicht weiter zu machen. Sie hat sich geirrt und glaubt nun, das Kirk unschuldig ist. Sie entschuldigt sich bei Kirk für ihr Verhalten. Cogley verspricht, so schnell die Flinte nicht ins Korn zu werfen.
Auf der Enterprise kommt McCoy zu Spock, der eine Runde Schach gegen den Computer spielt, was den Doktor ziemlich auf die Palme bringt. Als der Vulkanier jedoch erklärt, er habe schon vier Partien gegen den Computer gewonnen, ist McCoy mehr als erstaunt. Zum Beweis schlägt Spock den Computer ein fünftes Mal. Da die Hardware keine Fehler zeigte, beschloss er die Programmbänke zu untersuchen. Er selbst hat das Schachprogramm programmiert, so dass er bestenfalls Remmie hätte spielen können. Die beiden brechen sofort zur Sternenbasis auf.
Dort wird die Verhandlung Kirks fortgesetzt. Weder Cogley noch Shawn haben weitere Anträge vor dem Beenden der Beweisaufnahme. Da stürmen Spock und McCoy in den Gerichtssaal und berichten Cogley vom Computerfehler. Der stellt daraufhin den Antrag, weitere Beweise vorlegen zu dürfen. Shawn ist sofort dagegen diese Beweise noch zu bringen, doch Cogley besteht darauf, dass der Angeklagte mit dem Belastungszeugen konfrontiert wird: dem Computerlogbuch der Enterprise. Die Verhandlung soll auf der Enterprise forgesetzt werden. Wenn das Gericht Kirk dies verbietet, stellen sie die Maschinen über die Menschen. Er fordert, dass seinem Antrag stattgegeben wird.

Nach gründlicher Beratung hat das Gericht beschlossen, die Verhandlung auf der Enterprise fortzusetzen. Dort berichtet Spock, dass er fünf Partien Schach gegen den Computer gewonnen hat. Er selbst hat den Computer für Schach programmiert, sodass er die gleichen Kenntnisse über dieses Spiel hat, wie er selbst. Da der Computer keine Fehler macht wäre seine größte Gewinnchance ein Remmie gewesen. Dennoch gelang es ihm, den Computer fünfmal hintereinander zu schlagen. Irgendjemand muss aus Versehen oder absichtlich die Justierung der Programmbank des Computers verändert hat. Es gibt nur drei Männer an Bord, die dies hätten tun können: Kirk, Spock und der Computeroffizier, bisher Benjamin Finney. Kirk berichtet, dass er nach dem Abwerfen der SEnsorkapsel sofort Suchmanschaften für eine Phase 1 Suche einteilte, um nach Finney zu suchen, da er vielleicht noch hilflos am Leben sein konnte. Cogley fragt, ob Finney vielleicht nicht wollte, dass er gefunden wird, dass er sich vielleicht versteckt hat. Er ist der festen Überzeugung, dass Benjamin Finney nicht tot ist.
Auf der Brücke der Enterprise soll Verteidiger Cogley seine Behauptung dem Gericht beweisen. Er hat ein Experiment vor, bei dem die gesamte Crew das Schiff verlassen muss, mit Ausnahme des Gerichts und der Brückenbesatzung. Cogley selbst will kurzzeitig das Schiff verlassen, da er noch etwas erledigen muss. Er verspricht, rechtzeitig zurückzukehren.
Das Experiment beginnt. Captain Kirk erklärt dem Gericht, dass der Computer mit äußerst empfindlicher Sonartechnologie ausgestattet ist, welche selbst leiseste Geräusche aufspüren kann. Dem Captain wird gemeldet, das das Schiff geräumt wurde. Spock spielt dem Gericht die Geräuschkulisse vor, die das Sonar empfängt. Es handelt sich um Herzschläge aller an Bord befindlichen Personen. McCoy soll daraufhin mit einem speziellen Sound-Absorbers die Herztöne der Personen auf der Brücke "abstellen". Selbst als alle Herzschläge herausgefilter sind, hört man noch immer den Herzschlag eines Mannes, Finney. Spock lokalisiert ihm auf dem B-Deck in der Nähe des Maschinenraumes. Kirk will sich selbst darum kümmern, während Sam Cogley Jamie an Bord holen will.
Als der Captain den Maschinenraum erreicht, verringert sich die Umlaufbahn der Enterprise. Da wird der Captain von Finney über COMM gerufen, der ihm klarmacht, sich noch nicht zu früh zu freuen, dass seine Karriere gerettet ist. Er wirft Kirk vor, ihm seine Karriere zerstört hat. Er sieht sich als besseren Offizier als Kirk. Plötzlich steht er hinter dem Captain, bedroht ihn mit seinem Phaser und entwaffnet Kirk. Er will Kirk nicht töten, sondern sein Schiff. Er hat deshalb die gesamte Hauptenergie abgeschaltet. Deshalb verringert sich der Orbit des Schiffes weiter. Finney wirft Kirk vor, ihm die Enterprise weggenommen zu haben. Der Captain macht ihm jedoch klar, dass er damit Unschuldig umbringt, nur er allein hat ihn damals gemeldet. Spock möchte zur Sicherheit das Gericht vom Schiff evakuieren, doch die Verhandlung soll erst an Bord zu Ende geführt werden. Kirk verspricht Finney zu helfen, wenn alles vorbei ist. Er fragt ihn, ob er auch seine eigene Tochter umbringen möchte, die ebenfalls an Bord ist. Als sich Finney vor Verzweiflung aufregt, gelingt es Kirk, ihm gewaltsam zu entwaffnen. Ein Kampf zwischen den beiden entbrennt. Obwohl sich mit einer Rohrzange zur Wehr setzt kann Kirk ihn überwältigen.
Jamie bringt daraufhin ihren Vater sehr schnell dazu, zu sagen, wo er den Schaden verursacht hat. Der Schaden war beträchtlich, doch Kirk gelingt es, ihn notdürftig zu reparieren. In einer Wartungsröhre entfernt er die Leitungen, die zur Sabotage angebracht worden waren. Das Schiff erhält daraufhin wieder Energie und Spock lässt die Enterprise auf ein Drittel Schub gehen. Es gelingt, den Orbit zu stabilisieren. Stone fragt Shawn, ob sie einverstanden sit, das Verfahren einzustellen, die dies freudig bejaht.
Wenig später geht alles an Bord seinen gewohnten Gang. Areel Shawn fragt sich, wie lange es diesesmal dauert, bis sie Kirk wiedersieht. Sie schenkt dem Captain ein Buch von Sam Cogley. Der Verteidiger hat schon wieder einen neuen Fall. Er verteidigt Ben Finney und ist überzeugt, dass er gewinnt. Shawn fragt sich, ob die Schiffsdisziplin zusammenbrechen würde, wenn sie vor versammelter Manschaft den Captain küssen würde. Kirk lässt es auf einen Versuch ankommen. Die Crew nimmt nicht einmal Notiz von den beiden. Kirk verabschiedet sich von seiner alten Freundin und widmet sich wieder seiner Arbeit. Er findet, dass Areel eine gute Juristin ist, was Spock bestätigt und McCoy findet sie dazu noch appetitlich frisch.