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Spock, Captain Kirk und McCoy beamen hinunter zur Sternenbasis 11 und werden dort von Mrs. Piper empfangen, die wissen möchte, wieso die Enterprise ihren Kurs änderte, um hierher zu kommen. Kirk erklärt, dass sie eine Nachricht von hier erhalten hätten, doch Piper behauptet, dem wäre nicht so.
Commodore José Mendez ist dies vollkommen unverständlich. Kirk erklärt, dass Spock eine Nachricht von dieser Sternenbasis von einem früheren Kommandanten der Enterprise namens Christopher Pike erhalten hat. Mendez meint, dass dies unmöglich ist, da Christopher Pike etwas Schreckliches zugestoßen ist und nun auf der Krankenstation liegt. Auf dem Weg dorthin erzählt Kirk, dass er Pike bei seiner Beförderung zum Flottencaptain einmal begegnet ist. Spock hat 11 Jahre, 4 Monate und 5 Tage unter ihm gedient. Der Commodore erklärt, dass bei der Inspektion eines alten Schulschiffes der Klasse J einer der Schutzschirme zerborsten ist, so dass eine große Menge Deltastrahlung frei wurde. Pike versuchte ein paar von den Kadetten zu retten. Das Außenteam ist geschockt als es Captain Pike sieht, wie er in einem Rollstuhl sitzt, die rechte Gesichtshälfte vollkommen entstellt. Pike kann sich nur über ein blinkendes Licht verständigen, zweimal Blinken bedeutet nein. Somit teilt er ihnen mit, dass er die Gäste nicht sehen möchte. Spock jedoch kann einen Augenblick bei ihm bleiben. Der Vulkanier bittet seinen früheren Captain mit ihnen zu kommen. Er hat alles geplant. Obwohl Pike es nicht will, sieht sich Spock dazu gezwungen, auch wenn es Verrat und Meuterei ist, er hat keine andere Wahl.
Die Bandaufzeichnungen auf der Station zeigen, dass keine Nachricht an die Enterprise geschickt wurde. Kirk weiß jedoch, dass man Bandaufzeichnungen löschen kann. Mendez erklärt, dass Spock der einzige ist, der von dieser Nachricht zu wissen scheint. Kirk versteht nicht, wieso man den Kurs ändern sollte. Mendez lässt sich noch einmal von Humbolt bestätigen, dass von der Station keine Nachricht gesendet wurde. Als er die Daten noch einmal überprüft, schleicht sich Spock in die Computerzentrale und betäubt einen der Techniker mit seinem Genickgriff. Er beginnt die Kommunikationssysteme zu manipulieren.

Währendessen stellt Mendez Kirk Mrs. Piper vor, die schon von dem Captain gehört hat, da sie eine Bekannte von Lieutenant Helen Johansen ist. Sie hat herausgefunden, dass Mr. Spock seinem früheren Captain immer sehr loyal gedient hat. Dennoch ist es unmöglich das Pike die Nachricht geschickt hat. Er steuert seinen Rollstuhl mit Hilfe seiner Gehirnströme und kann Blinkzeichen geben, mehr nicht. Sein Gehirn ist noch vollkommen intakt, jedoch gefangen in einem zerstörten Körper, der von einem batteriebetriebenen Herz am Leben gehalten wird.
Spock hat eine künstliche Nachricht kreiert, in der Mr. Hanson der Enterprise neue Befehle übermittelt. Das Schiff empfängt diese Meldung, die sofort in den Computer eingespeist wird. Während Lieutenant Uhura eine Bestätigung der Befehle von Kirk erwartet, muss sich Spock gegen Humbolt, der ihn bei der Sabotage erwischt hat, wehren. Mit seinem Genickgriff schaltet er ihn aus und übermittelt eine gefälschte Nachricht von Kirk, die besagt, dass der Einsatz bestätigt wird, Spock werde alle Fragen beantworten. Spock erklärt, dass die Bordcomputer die komplette Steuerung bei der Reise übernimmt, was weder die Schiffsbesatzung noch die Raumbasis erfahren darf.
Kirk beobachtet über einen Monitor Captain Pike, wie er ständig nein blinkt. McCoy weiß auch nicht, was der Grund dafür ist und wie lange Pike noch leben wird. Man kann bis heute jedes menschliche Organ künstlich ersetzen, außer das Gehirn. Pike denkt genauso klar wie sie, nur dass er sich niemanden nähern und verständlich machen kann. Kirk vermutet, dass etwas mit Spock nicht in Ordnung ist und glaubt, dass er die Nachricht von der Station erfunden hat. McCoy hält dies für unmöglich, da Spock wenigsten zur Hälfte Vulkanier ist. Da soll McCoy sofort auf die Enterprise zurückkehren, man nennt jedoch keinen Grund.
Kurze Zeit später legt Commodore Mendez Kirk eine Akte vor, die eigentlich nur dem Sternenflottenkommando zur Lektüre bestimmt ist. Es geht um Talos IV, ein Planet, den man nach Paragraph 7 der Sternenflottenbefehle nicht einmal in einem Notfall anfliegen oder Kontakt aufnehmen darf. Ein Bruch dieser Direktive wird mit dem Tode bestraft. Mendez öffnet die Akte, welche enthüllt, dass die Enterprise unter dem Kommando von Christopher Pike und sein erster Offizier Spock das einzige Schiff war, das je den Planeten besucht hat. Da meldet Piper, dass Pike verschwunden ist und man stellt fest, dass die Enterprise den Orbit verlässt.

An Bord des Schiffes erklärt Spock, dass die Enterprise ihr Ziel kennt, der Computer wird das Schiff steuern. Auf den Versuch der Sternenbasis, Kontakt aufzunehmen, darf nicht reagiert werden. Spock erklärt der Manschaft, dass er vorübergehend das Kommando hat. Kirk hat vorerst Erholungsurlaub. McCoy, der auf die Brücke gekommen ist, kann nicht glauben was Spock sagt. Da führt der Vulkanier McCoy zu einem Quartier, in dem sich Christopher Pike befindet, der immernoch nein signalisiert. Spock spielt McCoy eine gefälschte Aufzeichnung Kirks vor, in welcher der Captain befiehlt, Spock zu gehorchen. Pike signalisiert nein.
Zurück auf der Brücke erfährt Spock von Hanson, dass ihnen ein Objekt mit einer Hülle aus Duranium von der Größe eines Shuttles der Sternenbasis folgt. Spock befiehlt weiterzufliegen und den Kurs beizubehalten. Im Shuttle befinden sich Kirk und Mendez, die vergeblich die Enterprise rufen. Sie stellen fest, dass Spock Kurs auf Talos IV gesetzt hat. Mendez rät umzukehren, da sie mit der Restenergie gerade noch zur Sternenbasis zurückkehren können.
Auf der Enterprise bestätigt der Computer, dass das verfolgende Objekt ein Shuttle der Klasse F ist. Die Energie des Shuttles reicht nicht mehr aus, um zur Sternenbasis zurückzukehren. Damit sitzt Spock in einer Zwickmühle, er kann Kirk im Shuttle nicht sterben lassen.
Der Antrieb des Shuttles hat inzwischen keine Energie mehr. Kirk schaltet alle nicht benötigten System ab und stellt fest, dass sie nur noch für zwei Stunden Sauerstoff haben. Er wünscht sich fast, die Enterprise nicht zu erreichen, da dann Spock erledigt ist und vor ein Militärgericht kommt. Mendez weiß aber, dass er ebenso ein toter Mann ist, wenn er Talos IV erreicht. Er wundert sich, warum er unbedingt auf diesen Planeten will.
McCoy ahnt wer an Bord des Shuttles ist. Spock peilt das Shuttle an und aktiviert ein Datenband. Die Enterprise schaltet auf Rückschub und stoppt. Spock ruft ein paar Crewmitglieder auf die Brücke und befiehlt, die Insassen des Shuttles an Bord zu beamen. Er überträgt Lieutenant Hanson das Kommando über das Schiff und bittet dann McCoy als dienstältesten Offizier, ihn festzunehmen. Die Anklage lautet Meuterei, er hat nie einen Befehl erhalten, das Kommando der Enterprise zu übernehmen. Der Doktor lässt Spock in seinem Quartier unter Arrest stellen.
Scott leitet das Shuttle zum Hangardeck und beamt Kirk und Mendez sofort an Bord. Hanson überträgt sofort das Kommando zurück an den Captain. Kirk will wieder auf den alten Kurs gehen, doch die Computersteuerung, die Spock verwendet hat, lässt sich nicht abstellen. Selbst Kirk kann die Anweisungen nicht ungültig machen. Der Computer meldet, dass dieser Versuch einen Kurschluß in der Sauerstoffversorgung verursachen würde. Die Computersteuerung kann erst deaktiviert werden, wenn man Talos IV erreicht hat.

Während die Enterprise nach Talos IV unterwegs ist, wird nach den Bestimmungen der Sternenflotte eine Voruntersuchung Mr. Spocks stattfinden. Spock verzichtet jedoch sowohl auf eine Verteidigung als auch auf diese Voruntersuchung und bittet um die sofortige Einberufung eines Militärgerichtes. Kirk erklärt, dass dazu drei befehlshabende Offiziere anwesend sein müssen. Spock weiß, dass es drei Offiziere gibt, Captain Kirk, Commodore Mendez und Captain Pike, der trotz seines Unfalls noch immer auf der Liste des aktiven Dienstpersonals geführt wird.
Kurze Zeit später wird das Militärgericht einberufen. In der Verhandlung gesteht Spock seine Schuld ein. Mendez macht ihm klar, dass ihm die Todesstrafe erwartet, wenn sie Talos IV erreichen und will wissen warum. Spock bittet deshalb, den Monitor einzuschalten, um dies zu erklären. Die Aufzeichnung zeigt die Enterprise von vor 13 Jahren mit ihren Kommandanten Christopher Pike. Ein fremdes Objekt kam auf das Schiff zu. Kirk kann kaum glauben, dass er da Pike gesehen hat. Kein Schiff macht solch detaillierte Aufzeichnungen. Auch Pike kennt diese Aufzeichnungen nicht und Spock will nicht erklären, woher diese stammen. Obwohl Mendez die Aufzeichnungen als wertlos betrachtet, möchte Kirk mehr sehen. Spock spielt die Aufzeichnung weiter ab...
Die Enterprise war auf einer Routinemission und geriet in einen Meteoritenschwarm, ein Objekt näherte sich mit Lichtgeschwindigkeit auf Kollisionskurs. Da empfängt man einen Funkstrahl, ein Notruf wie er früher gesendet wurde und aus der Talos Sternengruppe stammt. Er stammt vom Forschungsschiff S.S. Columbia, die vor 18 Jahren auf einem der Planeten notgelandet ist. Das Talos System ist bis jetzt nicht erforscht wurden, es besteht aus 11 Planeten, der vierte ist Klasse M. Pike möchte jedoch nicht dorthin fliegen, da es keine Anzeichen von Leben gibt und setzt Kurs auf die Vega Siedlung. Number One soll sich inzwischen um die Verletzten und Toten an Bord kümmern.
In seinem Quartier angekommen ruft Pike Dr. Phil Boyce zu sich, nur um mit ihm zu plaudern. Boyce ist mit Pikes Entscheidung, nicht zu diesem Planeten zu fliegen einverstanden. Er serviert Pike erst einmal einen Martini und möchte wissen, ob der Kampf um Rigel VII Pike noch immer beschäftigt. Der Captain erklärt, dass sein Sergeant und zwei andere Crewmitglieder tot sind, sieben sind verletzt. Er hätte es ahnen müssen und nicht in die Festung eindringen dürfen. Pike möchte nicht mehr entscheiden, welche Aufgabe gefährlich ist und welche nicht und wer von seinen Leuten am Leben bleibt und wer nicht. Deshalb möchte er auch den Dienst quittieren und zu seiner Familie zurückkehren in eine kleine Stadt umgeben von blühenden Feldern, wo er zwei Reitpferde besitzt. Er könnte sich auch vorstellen, ein Geschäft in der Orion Siedlung aufzumachen. Boyce findet, dass sich Pike dies zu einfach vorstellt. Er sollte sich genau überlegen was er tut. Da meldet Spock, dass man eine neue Mitteilung erhalten hat, dass es doch Überlebende beim Absturz der Columbia gegeben hat.
In der Mitteilung steht, dass es 11 Überlebende gibt. Captain Pike setzt deshalb Kurs auf die Talos Sternengruppe, Warp 7...
Mendez gratuliert zu Spocks Phantasie, doch hier findet kein Theater statt. Deshalb lässt Spock Captain Pike bestätigen, dass es sich genauso vor 13 Jahren zugetragen hat. Kirk möchte deshalb die Aufzeichnung weiter ansehen. Da Pike ebenfalls zustimmt, ist Mendez überstimmt...

Die Enterprise erreichte Talos IV und schwenkte in den Orbit ein. Man entdeckt seltsame Spiegelungen von der Oberfläche, wobei es sich um Raumschifftrümmer handeln könnte. Pike stellt deshalb ein Außenteam zusammen, Number One bleibt als erfahrenster Offizier an Bord. Man beamt das Außenteam auf die Oberfläche.
Dort angekommen hört man seltsame Geräusche und entdeckt, dass diese von blaublättrigen Pflanzen erzeugt werden. Kurze Zeit später entdeckt man eine Kolonie und wird von Dr. Theodor Haskins empfangen, der vom amerikanischen Forschungsinstut stammt. Da entdeckt die Crew eine äußerst hübsche Frau, die Haskin als Vina vorstellt. Sie kam kurz vor dem Absturz auf die Welt. Das Außenteam bemerkt jedoch nicht, dass es bereits heimlich von Talosianern interessiert beobachtet wird.

Während man sich auf Talos IV bereit macht, die Überlebenden hinaufzubeamen und ein Wissenschaftlerteam hinunterzubeamen, erklärt Vina Captain Pike, dass er ein fabelhaftes Exemplar ist. Haskin entschuldigt ihre Ausdrucksweise, da sie mit Wissenschaftlern aufgewachsen ist. Vina findet es Zeit, den Captain in ihr Geheimnis einzuweihen, warum sie so gesund gesund geblieben sind. Sie führt Pike deshalb zu einem Felsen. Pike kann dort nichts entdecken als Vina und der Rest der Überlebenden plötzlich wie vom Erdboden verchluckt verschwindet. Zwei Talosianer kommen aus einer Tür im Felsen und betäuben den Captain mit einer Art Gas und schleppen ihn in das Innere des Felsen, in dem sich ein Lift befindet. Der Rest des Außenteams feuert mit Phasern auf die Tür, doch es ist zwecklos. Spock meldet der Enterprise, dass es keine Überlebenden gibt, es war eine Falle...
Commodore Mendez erhält eine Meldung von Sternenflottenkommando. Man hat registriert, dass die Enterprise Übertragungen von Talos IV empfängt. Jetzt weiß Kirk woher die Aufzeichnung stammt, die Spock ihnen zur Zeit vorführt. Das Sternenflottenkommando enthebt Captain Kirk seines Kommandos und überträgt es an Commodore Mendez. Dieser erhält den Auftrag, die Verbindung nach Talos IV zu zerstören und sofort umzukehren. Spock möchte, dass das Sternenflottenkommando erfährt, dass Kirk unschuldig ist, doch der Captain eines Schiffes ist für seine Untergebenen verantwortlich. Spock weigert sich, die Computersteuerung abzuschalten. Da vertagt Commodore Mendez das Gericht. Kirk fragt, ob Spock den Verstand verloren hat. Der Vulkanier verlangt, dass man ihm vertraut. Es geht um Kirks Karriere und das Leben von Captain Pike, man soll sich die Übertragung zu Ende ansehen, dann wird alles logisch und klar. Kirk lässt Spock daraufhin festnehmen...