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Die U.S.S. Enterprise nähert sich einem Objekt, das ein Raumschiff sein könnte. Wenn es ein Schiff ist, gehört es nicht der Föderation der Planeten an. Uhura erhält ein Kommunikationsverbindung, über die jedoch nur alter Morsecode gesendet wird: C-Q-C-Q. Das Schiff könnte also doch von der Erde stammen. Die Enterprise ist inzwischen in Sichtweite. Kirk identifiziert das Schiff als Typ DY-500, doch Spock korrigiert ihm, es ist ein Schiff des Typs DY-100. Die letzen Schiffe dieses Typs hat man vor über 100 Jahren konstruiert, um 1990. Es handelt sich also um ein Wrack oder um ein gekapertes Schiff. Man geht auf Alarm Gelb. McCoy registriert von diesem Schiff Herzschläge, die jedoch nicht von Menschen stammen können, es sind nur vier pro Minute. Spock meldet, dass auf dem Schiff eine Energiequelle in Betrieb ist. Die Enterprise geht auf Alarm Rot.
Die Enterprise befindet sich inzwischen seit einer Stunde neben dem unbekannten Raumschiff. Man hat noch immer keinen Funkkontakt erhalten. Kirk lässt die Phaser weiter feuerbereit halten, aber Alarm Rot beenden. McCoy hat inzwischen herausgefunden, dass sich 60-70 Individuen an Bord befinden müssen. Spock konnte trotz der zerkratzen Hülle den Namen des Schiffes ablesen: Botany Bay. Es ist nicht im Register verzeichnet. Die Aufzeichnungen dieser Zeit sind lückenhaft, da Ende des 20. Jahrhunderts die letzten großen Kriege auf der Erde stattfanden, die Eugenischen Kriege. Eine Gruppe von fanatischen Wissenschaftlern (eiskalte Logiker, wie McCoy spitz hinzufügt) versuchte damals wieder einmal einen Übermenschen zu züchten. Kirk möchte mit Dr. McCoy hinüber auf das Schiff beamen. Er möchte außerdem, dass ihn die Historikerin Lieutenant McGivers begleitet.
McGivers möchte sich gerade ihrem Hobby, der Malerei, widmen, als Spock von der Brücke aus sie und Scott in den Transporterraum ruft.
Im Transporterraum stellt Scott fest, dass sich auf dem fremden Schiff eine Sauerstoffatmosphäre bildet, als würde man erwartet. McCoy ist gar nicht begeistert, auf das Schiff hinüberzubeamen, er hasst den Transporter. Das Außenteam beamt auf das fremde Schiff.
Dort befinden sich viele Menschen in Schlafkammern in Stasis. Scott stellt fest, dass das Schiff eindeutig 1996 gestartet ist. Er ist fasziniert von der alten Computertechnik und würde sie gern ausbauen. McGivers weiß, dass man erst im Jahre 2018 das Problem der Zeitschranke gelöst hat. Bis dahin wurde die Besatzung auf ihrer Reise durchs All in Tiefschlaf versetzt. McCoy weiß, dass die Menschen theoretisch noch leben könnten. Als Scott einen Schalter betätigt, aktivieren sich im Schiff alle Systeme und das Licht geht an. Das Außenteam beobachtet, dass sich die Lebenszeichen einer der in Stasis befindlichen Personen steigern. Scott will nachsehen, ob noch weitere Personen aufwachen. McGivers ist hin und weg von der erwachenden Person und erklärt, dass dies der Commander des Schiffes ist. Er wurde immer als erstes geweckt und musste entscheiden, ob auch die anderen Besatzungsmitglieder aufgeweckt werden sollen. Sie nimmt an, dass er aus Indien stammt und ein Singh ist, besonders gut ausgebildete Soldaten. Plötzlich fällt der Herzschlag des Menschen, er liegt im Sterben. Um ihn zu retten, öffnet Kirk die Stasiskammer. Der Commander erwacht und fragt, wie lange er geschlafen hat. Kirk lässt McCoy und den Fremden zur Enterprise hinüberbeamen.

Die Enterprise befindet sich nun schon zehn Stunden neben der Botany Bay. Man hat Spezialisten auf das Schiff geschickt, die es untersuchen. Währenddessen versucht man auf der Enterprise den Commander der Botany zu retten. Scott meldet vom anderen Schiff, dass man kein Logbuch gefunden hat, da die Besatzung wahrscheinlich schon im Tiefschlaf war, als es gestartet ist. 72 der Stasiskammern auf dem Schiff sind in Ordnung, 12 sind jedoch defekt. Kirk sieht Probleme, dass so viele Menschen aus dem 21. Jahrhundert überleben werden, wo sie doch so wenig über diese Zeit wissen. Spock hat eine Anfrage an die Föderationsdatenbank geschickt, doch dort hat man auch keine Aufzeichungen über die Botany Bay. Sie wissen nur, dass die DY-100 für längere interstellare Flüge gebaut worden ist. Auch Spock braucht Fakten, um logische Schlussfolgerungen zu ziehen, doch diese fehlen ihm. Kirk möchte die Botany Bay zur Sternenbasis 12 abschleppen.
Auf der Krankenstation hat sich der fremde Commander schon recht gut erholt. McCoy findet es erstaunlich, dass sein Herz bereits kräftiger arbeitet als sein eigenes. McGivers betritt die Krankenstation. Kirk vermutet, dass es sich bei dem Fremden vielleicht um einen gezüchteten Übermenschen handelt, welche den Eugenischen Krieg auslösten. Er bittet McGivers zu sich, da er bemerkt, wie sie den Fremden beobachtet. Sie gesteht, dass sie dies nur beruflich tut. Sie ist fasziniert von diesem Fall. Die Männer früher waren abenteuerlustiger, kühler und nicht so langweilig. McCoy fühlt sich amüsiert, da er dachte, Kirk wirkt unwiderstehlich. Als McCoy allein ist, erwacht der Fremde auf der Krankenstation. Sofort beginnt er mit einigen körperlichen Entspannungsübungen, während sich der Doktor bei Crewmam Herb nach den biologischen Tests erkundigt. Der Fremde entdeckt an der Wand einen Schaukasten, mit altertümlichen Operationsutensilien. Er schnappt sich eines der Skalpelle. Als McCoy zurück in den Bettenraum kommt, liegt der Commander wieder auf seinem Biobett. Sofort bedroht er den Doktor mit dem Skalpell. Er fragt, wo er sich befindet. McCoy erklärt, dass er sich im Bett befände und seinen Doktor bedroht. Wenn er ihn töten will, sollte er die Halsschlagader hinter seinem linken Ohr durchschneiden. Der Fremde erkennt, dass sein Gegenüber ein tapferer Mann ist. Der Doktor kann ihm das Skalpell abnehmen und erklärt ihm, dass er sich an Bord der U.S.S. Enterprise befindet, die die Botany Bay im Schlepp hat. Er bestätigt ihm, dass er über einhundert Jahre geschlafen hat. Der Fremde möchte den Captain sprechen.
Kirk folgt sofort dem Ruf McCoys und besucht den fremden Commander auf der Krankenstation. Der möchte wissen, wohin man nun fliegt. Kirk erklärt, dass man zur Sternenbasis 12 fliegt, ein Planet im Gamma-400 Sternensystem. Das Oberste Kommando hat dort seinen Sitz. Der Captain erklärt, dass noch 72 der Stasiskammern intakt sind, man will sie öffnen, wenn man die Sternenbasis erreicht hat. Der Fremde ist einverstanden. Sein Name ist Kahn und er fühlt sich etwas schwach und müde. Kirk möchte zwar wissen, was Kahns Auftrag war, doch der Doktor hält ihn zurück. Um sein Gedächtnis zu trainieren, bittet Kahn um ein paar Bücher. Ihn interessiert auch, wie sich die Technik entwickelt hat. Da es keine Bücher mehr gibt, stellt Kirk ihm ein Computerterminal zur Verfügung, über das er Datenbänder abspielen kann.
Als der Captain auf die Brücke zurückkehrt erklärt er, dass Kahn ganz anders als ein Mensch des 21. Jahrhunderts ist. Spock ist besorgt, dass man ihm die technische Bibliothek zur Verfügung gestellt hat. Im Jahr 1993 hat eine Gruppe dieser Übermenschen die Herrschaft in 40 Staaten der Erde an sich gerissen. Er hat Material aus der Datenbank. Nachdem man die Übermenschen nach den Eugenischen Kriegen wieder aus ihren Machtpositionen entfernt hatte, waren 90 von ihnen verschwunden. Es spricht vieles dafür, dass die Menschen auf der Botany Bay die Vermissten sind. Spock rät deshalb zur Vorsicht, vor allem bei Kahn.
Lieutenant Marla McGivers besucht Kahn auf der Krankenstaiton. Der hat nicht erwartet, eine so wunderschöne Frau an Bord der Enterprise zu treffen. Die Historikerin möchte so viel wie möglich über Kahns Zeit wissen, doch ihm gefällt ihre Frisur nicht so recht. Er öffnet ihr deshalb zärtlich vor dem Spiegel das Haar. Beim Anblick von Kahn, verstärkt sich ihre Zuneigung zu dem Fremden noch mehr. Kahn bittet sie, später wiederzukommen.
In der Offiziersmesse wird alles festlich geschmückt und ein großer Tisch gedeckt. McGivers hat eine Willkommensparty für den neuen Gast an Bord vorbereiten lassen. Kirk möchte von McCoy wissen, was er von den beiden hält. Der Doktor möchte jedoch keine schlafenden Tiger wecken, ist sich aber sicher, dass durch Kahns starke Persönlichkeit und McGivers Romantik sich mehr entwickeln könnte.
Kahn holt währendessen McGivers aus ihren Quartier ab. Er ist fasziniert von ihren Arbeiten. Er ist erfreut, dass die Historikerin ihr Haar offen trägt und bestaunt ihre Zeichnungen von Richard Löwenherz, Ralf Ericson und Napoleon. Unter einem Tuch entdeckt er sogar ein Bild von sich selbst, was ihn ehrt. Er warnt sie jedoch: All diese Männer, die sie malt, haben sich stets genommen, was sie wollten. Mit diesen Worten umarmt er sie und küsst sie innig.

Die Party beginnt. Kirk möchte gern etwas über Kahns ungewöhnliche Reise wissen und warum es keine Aufzeichnungen gibt. Er erzählt, dass sie alle Abenteurer waren, es waren gefährliche Zeiten auf der Erde. Spock meint, dass man die Tyrannei beenden wollte, was den Anlass zu einem Krieg lieferte. Kahn bezeichnet es lieber als einen Versuch, die Menschheit zu einen, wie ein Gespann von Zugtieren und Peitschenhieben, wie Spock anfügt. Kahn verteidigt sich, dass Spock dies nicht beurteilen kann, da er diese Zeit nicht miterlebt hat. Für ihn war das eine Zeit der Hoffnung und Ideale. Ein Mann wollte alle kleinen Diktaturen vereinen und die Welt regieren. Doch die Welt war noch nicht reif für seine Ideen. Spock glaubt, dass Kahn mit diesem Mann sympathisierte. Der findet Kirks Taktik faszinierend, seinen Ersten Offizier an vorderste Front zu schicken. Kirk will jedoch keinen Streit. Kahn gesteht, dass er kein guter Diplomat ist, er hat schon immer mit offenem Visier gekämpft. Kirk versteht deshalb nicht, warum Kahn geflohen ist, er hat die Erde verlassen, als sie Hilfe brauchte. Kahn erklärt, dass sie die Erde heilen wollten. Damit ist für ihn die Party beendet und er möchte sich etwas ausruhen.
Später kommt McGivers zu ihm ins Quartier und entschuldigt sich für die Crew. Keiner habe das Recht, ihn so zu behandeln. Sie weiß genau, wer er ist. Er ist wie Alexander der Große, Hannibal, Ralf Ericson, Richard Löwenherz oder Napoleon. Sie glaubt, dass ihm die heutige Zeit nicht gefallen wird. Kahn will sich die Zeit schöner machen und versucht sich der Historikerin zu nähern, die jedoch zurückweicht. Wütend erklärt Kahn, dass sie gehen oder bleiben soll. Sie sollte nur endlich tun, was sie wirklich möchte. Marla beschließt, noch ein wenig hier zu bleiben, doch Kahn möchte allein eine schwierige Entscheidung treffen. Doch mit ihrem weiblichen Charme kann sie ihn dazu bewegen, bleiben zu dürfen. Als er ihre Hand jedoch nimmt, zwingt er sie mit einem festen Händedruck auf die Knie und fragt, ob sie alles tun wird, was er verlangt. Sie ist einverstanden. Kahn eröffnet ihr, dass er die Enterprise übernehmen möchte, sie soll ihm dabei helfen. Als McGivers sich weigert, wirft er sie zu Boden und schickt sie weg. Da verspricht Marla, alles zu tun, was er verlangt.

Beim Briefing findet die Führungscrew Kahn tatsächlich in der Datenbank. Sein voller Name ist Kahn Noonien Singh. Von 1992 bis 1996 war er ein absoluter Herrscher über mehr als ein Viertel der Erde. Er war der letzte der Tyrannen, der gestürzt wurde. Obwohl er ein Tyrann war, wird er in der Geschichtsschreibung der Erde tatsächlich positiv beurteilt. Kirk lässt Kahns Quartier von einem Sonderposten bewachen.
Der Captain besucht daraufhin den früheren genetisch aufgewerteten Diktator. Er hat ein paar Fragen. Kahn erklärt, dass er die Erde verlassen hat, um ein neues Leben zu führen und eine neue Welt zu erschaffen. Er hatte auch Gründe, die, wie er glaubt, Kirk nicht verstehen kann. Er fühlt sich geistig und körperlich dem Captain der Enterprise überlegen. Tatsächlich hat es ihn überrascht, wie wenig Fortschritte die Menschheit in den letzten einhundert Jahren gemacht hat, wie wenig sich der Mensch selbst geändert hat. Er glaubt, dass er und seine Leute in dieser Zeit dringend gebraucht werden. Kirk verlässt daraufhin Kahn. Ihm gelingt es, seine verschlossen Tür mit bloßen Händen zu öffnen und den Wachposten davor auszuschalten.
Im Transporterraum hält Marla McGivers derweil den Transporterchief mit einem Phaser im Schach. Sie übernimmt die Transporterkontrollen, während Kahn hereinstürmt und den Chief niederschlägt. Marla beamt den genetisch aufgebesserten Menschen hinüber auf die Botany Bay.
Dort holt er die 72 Überlebenden aus dem Tiefschlaf, darunter auch Otto, Joaquin und Gate. Stolz erklärt er, dass der Kampf wieder beginnt. Nur diesesmal werden sie nicht nur die Erde, sondern das gesamte Universum erobern.
Die Enterprise reist weiterhin mit SoL 2 in Richtung Sternenbasis 12. Da meldet der Sicherheitsdienst, das Kahn aus seinem Quartier verschwunden ist. Kirk gibt Alarm für alle Decks, doch die Sprechverbindungen an Bord sind ausgefallen. Die Turbolifte sind ebenfalls blockiert. Außerdem wurde die Sauerstoffzufuhr ausgeschaltet. Da dieses Problem nur von Scott gelöst werden kann, ruft Kirk den Chefingenieur im Maschinenraum. Der wird jedoch schon von Kahns Leuten zurückgehalten. Kahn erklärt, dass das Schiff sich nun in seiner Gewalt befindet. Er hat die Sauerstoffzufuhr zur Brücke unterbrechen lassen, die Ausgänge sind blockiert. Er ist bereit, zu verhandeln. Kirk möchte alle Decks mit Anestesingas fluten lassen, doch auch die Abwehrsysteme sind lahm gelegt. Kirk kann nicht einmal Sternenbasis 12 rufen, da auch die Außenverbindungen unterbrochen wurden. Kahn verlangt, dass der Captain verhandelt, da ihm nicht mehr viel Zeit bleibt, er wird bald ersticken.

Kahn hat die Botany Bay aufgegeben und von der Enterprise abgekoppelt. Die Luft auf der Brücke, auf der sich Captain Kirk, Spock, Uhura, Techniker Thule, Harrison, Lieutenant Spinnery und Anderson befinden, ist kaum noch atembar. Auch der Captain fällt als einer der letzten in Ohnmacht.
Im Konferenzraum verlangt Kahn kurze Zeit später von der Crew, die er inzwischen von der Brücke geholt hat, dass man den Bildschirm einschaltet. Da sich die Crew weigert, schnappt sich Joaquin Uhura und möchte sie schlagen. McGivers schreitet aber ein, was Kahn wiederum gar nicht verstehen kann. Er möchte ihr ein Schauspiel bieten, dass sie umstimmen wird und lässt den Bildschirm einschalten. Dort sieht man die Unterdruckskammer der Krankenstation. Kahn lässt den Druck darin immer weiter reduzieren. Zum Schrecken der Crew befindet sich Captain Kirk hilflos in dieser Kammer. Wenn man seine Befehlsgewalt anerkennt, will er Kirk am Leben lassen. Da Kahns Schiff manövrierunfähig ist, braucht er die Enterprise und dessen Crew, um einen neuen Planeten zu finden, den sie besiedeln können. McCoy macht ihm aber klar, dass keiner von ihnen mitkommen wird. Kahn droht damit, jeden in die Unterdruckkammer zu schicken. McGivers möchte sich die Diskussion nicht länger mit ansehen und geht. Der Tyrann bietet jedem, der zu ihm überläuft, an, am Leben gelassen zu werden. Da wird die Videoverbindung zur Unterdruckkammer getrennt. Joaquin versucht mit Gewalt Uhura dazu zu bewegen, den Bildschirm wieder einzuschalten, doch Kahn meint, dass dies nicht mehr nötig ist, Kirk sei bereit tot. Als nächstes möchte er Mr. Spock in die Dekompressionskammer stecken.
McGivers kommt inzwischen zur Dekompressionskammer, die von einem von Kahns Leuten bewacht wird. Sie erklärt ihm, dass Kahn befohlen hat, Kirk genau zu beobachten, da er vielleicht aufgibt. Als sich der Mann dem Fenster an der Kammer zuwendet, betäubt McGivers den genetisch aufgebesserten Menschen. Sofort steigert sie den Druck in der Kammer und befreit Kirk. Sie bittet den Captain dennoch, Kahn am Leben zu lassen. Da kommt Joaquin mit Spock herein. Zusammen gelingt es dem Captain und Spock, Joaquin zu überwältigen. Spock erklärt Kirk, dass Kahn im Konferenzraum ist und seine Leute das Schiff besetzt halten. Der Captain möchte an eine Schaltung des Abwehrsystems kommen, um den Fremden vielleicht noch auszuräuchern. Spock soll im Korridor an einem der dazugehörigen Relais sein Glück versuchen.
Währendessen ruft Kahn seine Leute Armory, Rodriguez, Ling und McPherson doch keiner meldet sich. Als plötzlich Neuralgas in den Konferenzraum strömt, flüchtet Kahn schnell, während der Rest der Crew beginnt, die anderen genetisch aufgebesserten Menschen niederzuschlagen. Scott konnte sich aus dem Konferenzraum retten und kann Kirk im Korridor gerade noch mitteilen, dass Kahn geflohen ist. Spock meldet dem Captain, dass er die Schaltung wieder unter Kontrolle hat. Er kann nur den Maschinenraum nicht erreichen, da dort jemand die Verbindung unterbrochen hat. Kahn verfolgt indes den Funkverkehr von dort aus mit, so dass er auf den hereinstürmenden Kirk vorbereitet ist und ihn entwaffnen kann. Mit bloßen Händen zerstört er den Phaser. Er hat eine Überlastung eingeleitet, so dass das Schiff in wenigen Minuten explodieren wird. Als Kirk einschreiten will, wird er von Kahn in eine Ecke geworfen. Ein Kampf zwischen den beiden entbrennt. Es gelingt Kirk mit einem Gerät Kahn niederzuschlagen und die Überlastung abzuschalten.
Der Kampf um die Enterprise ist beendet. Es hat eine Verhandlung stattgefunden und es wurde folgendes Urteil gefällt. Kahn Noonien Singh und die Besatzung der S.S. Botany Bay sind mit ihren Ideeen und Zielen eine Gefahr für das Universum. Sie werden deshalb zusammen mit Marla McGivers auf einen Planeten verbannt, der ständig von der Interplanetarischen Föderation kontrolliert wird, Ceti Alpha V. Der Planet ist etwas rauh, ein wenig unwirtlich aber dennoch zum Leben geeignet. Spock fände es interressant, in einhundert Jahren noch einmal zurückzukehren um zu sehen, was aus den Männern geworden ist. Doch Kirk sieht darin eine geringe Chance, denn so alt werden die Menschen normalerweise nicht.