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Der imperialen Enterprise gelingt es, ein Schiff mit unglaublich fortgeschrittener Technologie aufzubringen - das Constitution-Klasse Raumschiff Defiant. In der TOS-Episode "The Tholian Web" entdeckte Captain Krik, dass die Crew der Defiant verrückt geworden ist und gemeutert hat. Dies führte zum Tod aller Crewmitglieder an Bord. Doch bevor Kirk und sein Außenteam in der Lage waren, die exakte Ursache herauszufinden, begann die Defiant immer wieder zu verschwinden und wieder aufzutauchen, sie wechselte zwischen zwei Universen hin und her. Spock und McCoy gelang es, Kirk gerade noch rechtzeitig von der Defiant zu retten, bevor sie endgültig im anderen Universum verschwand, das sich nun als das berühmte Spiegeluniversum herausstellt.

Im Spiegeluniversum wird die Enterprise von Captain Forrest kommandiert. Archer ist immer noch Teil der Crew und führt das Außenteam an, das die Defiant übernimmt. Es ist jedoch klar, dass Archer auch nur die Spiegelversion seiner selbst ist. In einer Szene befiehlt Archer im Briefing Raum der Defiant dem Crewmitglied Mayweather, dass er einen Gefangenen foltern soll, um die Identität von jemanden herauszufinden, der seine Crewmitglieder angegriffen hat. Als der Gefangene nicht schnell genug antwortet, droht Archer damit, den Gefangenen selbst zu töten. Am Ende jedoch erfährt Archer, wer versucht hat, seine Mission zu sabotieren: Ein Mitglied der reptilienartigen Spezies der Gorn.

Später möchte Archer beweisen, dass er ein Experte in allen Dingen rund um die harte Politik der Menschen ist, die im Spiegeluniversum betrieben wird. In einem Kampf zwischen einer Gruppe außerirdischer Schiffe und der Avenger eilt Archer mit seiner U.S.S. Defiant zu Hilfe. Während eines Treffens mit Admiral Black und dem ersten Offizier der Avenger, eine unterwürfige Version von Soval, erhält Archer nur Lob von Black, da er die Defiant gefunden hat. Archer versucht daher die Bewunderung schnell in bare Münze umzuwandeln - könnte er nicht eine Schlachtfeldbeförderung zum Captain der Defiant erhalten?